Python PDB.fastaの例

コード例 #1

ファイル: pdbTest.py プロジェクト: julianah/cathAnalysis

    def atest15Fasta2(self):

        pdb1avgL00 = "../../pdbs/1avgL00.pdb"
        pdb1bbrJ00 = "../../pdbs/1bbrJ00.pdb"
        fasta1avgL00 = "../../pdbs/1avgL00.fasta"
        fasta1bbrJ00 = "../../pdbs/1bbrJ00.fasta"
        
        Pdb1avgL00 = PDB(pdb1avgL00)
        Pdb1bbrJ00 = PDB(pdb1bbrJ00)
        
        Pdb1avgL00.load_atoms_hetams()
        Pdb1bbrJ00.load_atoms_hetams()
        
        Pdb1avgL00.fasta(fasta1avgL00)
        Pdb1bbrJ00.fasta(fasta1bbrJ00)

コード例 #2

ファイル: pdbTest.py プロジェクト: julianah/cathAnalysis

 def test14Fasta(self):
     pdbFileName = "../../pdbs/1JMO.pdb"
     pdb = PDB(pdbFileName)
     pdb.load_atoms_hetams()
     fastaFileName = "../../pdbs/1JMO.fasta"
     pdb.fasta(fastaFileName)