if (k == "B" or k == "C"): break # On break la boucle si on est dans la chaine B ou C car ces chaines ne correspondent pas a la proteine mais a l'ARN else: r[modtuple]["chains"].append( k) # recuperation de la chaine dans le dictionnaire indice = 0 # variable qui permettra de recuperer l'indice du tableau des distance pour le calcule de s for l in dPDB[Confo][k]["resNumber"]: dist.append( func_distMD.distanceCA(dPDB["10"][k][l], dPDB[Confo][k][l]) ) # recuperation de la distance entre les residues l de la conformations 10 et de la conformation qui boucle s += dist[ indice]**2 # somme de la distance precedement calculé au carré indice += 1 N = len(dist) r[modtuple][k] = func_RMSD.RMSD( s, N) # recuperation de la RMSD dans le dictionnaire ################################################################## ###################### PREPARATION DES OUTPUTS ################### fichier.write("RMSD LOCAL : CHAINE A1\n") for i in r["modName"]: fichier.write("{} : {:.2f}\n".format(i, r[i]["A1"])) fichier.write("\n") fichier.write("RMSD LOCAL : CHAINE A2\n") for i in r["modName"]: fichier.write("{} : {:.2f}\n".format(i, r[i]["A2"]))
indice = 0 # variable qui permettra de recuperer l'indice du tableau des distance pour le calcule de s for l in dPDB[ConfoII][k]["resNumber"]: dist.append( func_distMD.distanceCA(dPDB[ConfoI][k][l], dPDB[ConfoII][k][l]) ) # recuperation de la distance entre les residue l des deux conformations s += dist[ indice]**2 # somme de la distance precedement calculé au carré indice += 1 N = len(dist) modtuple = ( ConfoI, ConfoII ) # creation d'un tuple des conformations traitée qui sera clé du dictionnaire des RMSD r["modName"].append(modtuple) r[modtuple] = func_RMSD.RMSD( s, N) # recuperation de la RMSD dans le dictionnaire tmpTab.append(func_RMSD.RMSD( s, N)) # recuperation de la RMSD dans le tableau heatmapMatrice.append(tmpTab) # recuperation du tableau ################################################################## ###################### PREPARATION DES OUTPUTS ################### for i in r["modName"]: fichier.write("{} : {:.2f}\n".format( i, r[i])) # Mise en page du fichier des resultats brut fichier.close()