コード例 #1
0
        if (k == "B" or k == "C"):
            break  # On break la boucle si on est dans la chaine B ou C car ces chaines ne correspondent pas a la proteine mais a l'ARN
        else:
            r[modtuple]["chains"].append(
                k)  # recuperation de la chaine dans le dictionnaire
            indice = 0  # variable qui permettra de recuperer l'indice du tableau des distance pour le calcule de s
            for l in dPDB[Confo][k]["resNumber"]:
                dist.append(
                    func_distMD.distanceCA(dPDB["10"][k][l], dPDB[Confo][k][l])
                )  # recuperation de la distance entre les residues l de la conformations 10 et de la conformation qui boucle
                s += dist[
                    indice]**2  # somme de la distance precedement calculé au carré
                indice += 1

        N = len(dist)
        r[modtuple][k] = func_RMSD.RMSD(
            s, N)  # recuperation de la RMSD dans le dictionnaire

##################################################################

###################### PREPARATION DES OUTPUTS ###################

fichier.write("RMSD LOCAL : CHAINE A1\n")
for i in r["modName"]:
    fichier.write("{} : {:.2f}\n".format(i, r[i]["A1"]))

fichier.write("\n")

fichier.write("RMSD LOCAL : CHAINE A2\n")
for i in r["modName"]:
    fichier.write("{} : {:.2f}\n".format(i, r[i]["A2"]))
コード例 #2
0
                indice = 0  # variable qui permettra de recuperer l'indice du tableau des distance pour le calcule de s
                for l in dPDB[ConfoII][k]["resNumber"]:
                    dist.append(
                        func_distMD.distanceCA(dPDB[ConfoI][k][l],
                                               dPDB[ConfoII][k][l])
                    )  # recuperation de la distance entre les residue l des deux conformations
                    s += dist[
                        indice]**2  # somme de la distance precedement calculé au carré
                    indice += 1

        N = len(dist)
        modtuple = (
            ConfoI, ConfoII
        )  # creation d'un tuple des conformations traitée qui sera clé du dictionnaire des RMSD
        r["modName"].append(modtuple)
        r[modtuple] = func_RMSD.RMSD(
            s, N)  # recuperation de la RMSD dans le dictionnaire
        tmpTab.append(func_RMSD.RMSD(
            s, N))  # recuperation de la RMSD dans le tableau

    heatmapMatrice.append(tmpTab)  # recuperation du tableau

##################################################################

###################### PREPARATION DES OUTPUTS ###################

for i in r["modName"]:
    fichier.write("{} : {:.2f}\n".format(
        i, r[i]))  # Mise en page du fichier des resultats brut

fichier.close()