Python GeminiLoader.populate_from_vcfの例

コード例 #1

ファイル: gemini_load.py プロジェクト: nfarzaneh/gemini

def load_singlecore(args):
    # create a new gemini loader and populate
    # the gemini db and files from the VCF
    l = GeminiLoader(args)
    l.populate_from_vcf()
    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        l.store_sample_gt_counts()
    return l

コード例 #2

def load_singlecore(args):
    # create a new gemini loader and populate
    # the gemini db and files from the VCF
    l = GeminiLoader(args)
    l.populate_from_vcf()
    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        l.store_sample_gt_counts()
    return l

コード例 #3

def load_singlecore(args):
    # create a new gemini loader and populate
    # the gemini db and files from the VCF
    gemini_loader = GeminiLoader(args)
    gemini_loader.store_resources()
    gemini_loader.store_version()
    gemini_loader.populate_from_vcf()
    gemini_loader.build_indices_and_disconnect()

    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader.store_sample_gt_counts()

コード例 #4

ファイル: gemini_load.py プロジェクト: jeffhsu3/gemini

def load_singlecore(args):
    # create a new gemini loader and populate
    # the gemini db and files from the VCF
    gemini_loader = GeminiLoader(args)
    gemini_loader.store_resources()
    gemini_loader.store_version()
    gemini_loader.populate_from_vcf()
    gemini_loader.build_indices_and_disconnect()

    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader.store_sample_gt_counts()

コード例 #5

def load_singlecore(args):
    # create a new gemini loader and populate
    # the gemini db and files from the VCF
    gemini_loader = GeminiLoader(args)
    gemini_loader.store_resources()
    gemini_loader.store_version()
    gemini_loader.populate_from_vcf()

    if not args.skip_gene_tables and not args.test_mode:
        gemini_loader.update_gene_table()
    if not args.test_mode:
        gemini_loader.build_indices_and_disconnect()

    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader.store_sample_gt_counts()
    gemini_annotate.add_extras(args.db, [args.db])

コード例 #6

ファイル: gemini_load.py プロジェクト: AafreenUCSD/gemini

def load_singlecore(args):
    # create a new gemini loader and populate
    # the gemini db and files from the VCF
    gemini_loader = GeminiLoader(args)
    gemini_loader.store_resources()
    gemini_loader.store_version()
    gemini_loader.populate_from_vcf()

    if not args.skip_gene_tables and not args.test_mode:
        gemini_loader.update_gene_table()
    if not args.test_mode:
        gemini_loader.build_indices_and_disconnect()

    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader.store_sample_gt_counts()
    gemini_annotate.add_extras(args.db, [args.db])

コード例 #7

ファイル: gemini_load.py プロジェクト: bgossele/gemini

def load_singlecore(args):
    # create a new geminicassandra loader and populate
    # the geminicassandra db and files from the VCF
    gemini_loader = GeminiLoader(args)
    gemini_loader.connect_to_db()
    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader._init_sample_gt_counts()

    gemini_loader.populate_from_vcf()
    '''if not args.skip_gene_tables and not args.test_mode:
        gemini_loader.update_gene_table()'''

    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader.store_sample_gt_counts()
    if not args.test_mode:
        gemini_loader.disconnect()

コード例 #8

ファイル: gemini_load.py プロジェクト: bgossele/gemini

def load_singlecore(args):
    # create a new geminicassandra loader and populate
    # the geminicassandra db and files from the VCF
    gemini_loader = GeminiLoader(args)
    gemini_loader.connect_to_db()
    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader._init_sample_gt_counts()
        
    gemini_loader.populate_from_vcf()


    '''if not args.skip_gene_tables and not args.test_mode:
        gemini_loader.update_gene_table()'''
    
    if not args.no_genotypes and not args.no_load_genotypes:
        gemini_loader.store_sample_gt_counts()
    if not args.test_mode:
        gemini_loader.disconnect()