コード例 #1
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ファイル: geneutil_test.py プロジェクト: dad/base 
	def test_max_entropy(self):
		"""Maximum possible entropy"""
		seq1 = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'
		res = geneutil.sequenceEntropy(seq1,base=20)
		self.assertAlmostEqual(res.entropy,1.0)
		for aa in seq1:
			self.assertTrue(res.counts[aa]==1)
コード例 #2
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 def test_max_entropy(self):
     """Maximum possible entropy"""
     seq1 = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'
     res = geneutil.sequenceEntropy(seq1, base=20)
     self.assertAlmostEqual(res.entropy, 1.0)
     for aa in seq1:
         self.assertTrue(res.counts[aa] == 1)
コード例 #3
0
ファイル: geneutil_test.py プロジェクト: dad/base 
	def test_entropy(self):
		"""Entropy of a homopolymer"""
		seq1 = 'AAAA'
		res = geneutil.sequenceEntropy(seq1)
		self.assertAlmostEqual(res.entropy,0.0)
		self.assertTrue(res.counts['A']==4)
コード例 #4
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 def test_entropy(self):
     """Entropy of a homopolymer"""
     seq1 = 'AAAA'
     res = geneutil.sequenceEntropy(seq1)
     self.assertAlmostEqual(res.entropy, 0.0)
     self.assertTrue(res.counts['A'] == 4)