コード例 #1
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ファイル: _regression.py プロジェクト: jakereps/q2-gneiss 
def ols_regression(output_dir: str,
                   table: pd.DataFrame, tree: skbio.TreeNode,
                   metadata: Metadata, formula: str) -> None:
    res = ols(table=table, metadata=metadata._dataframe,
              formula=formula)
    res.fit()

    ols_summary(output_dir, res, tree)
コード例 #2
0
def ols_regression(output_dir: str, table: pd.DataFrame, tree: skbio.TreeNode,
                   metadata: Metadata, formula: str) -> None:

    if np.any(table.var(axis=0) == 0):
        message = ('Detected zero variance balances - '
                   'double check your table for unobserved features.')
        raise UserWarning(message)

    res = ols(table=table, metadata=metadata.to_dataframe(), formula=formula)
    res.fit()

    ols_summary(output_dir, res, tree)