コード例 #1
0
ファイル: internal_cartesians.py プロジェクト: xwang862/psi4 
 def e(j, k):
     ev = LightVector.l_sub(xyz[k - 1], xyz[j - 1])
     ev.normalize()
     return ev
コード例 #2
0
ファイル: bond_angle.py プロジェクト: xwang862/psi4 
 def e(j, k):
     ev = LightVector.l_sub(args[k - 1], args[j - 1])
     ev.normalize()
     return ev
コード例 #3
0
ファイル: bond_angle.py プロジェクト: xwang862/psi4 
 def r(j, k):
     return LightVector.l_sub(args[k - 1], args[j - 1]).magnitude()
コード例 #4
0
ファイル: torsion.py プロジェクト: SahanGH/psi4public 
 def r(j, k):
     return LightVector.l_sub(args[k-1], args[j-1]).magnitude()
コード例 #5
0
ファイル: bond_angle.py プロジェクト: xwang862/psi4 
 def value_for_xyz(cls, xyz):
     v1 = LightVector.l_sub(xyz[0], xyz[1])
     v2 = LightVector.l_sub(xyz[2], xyz[1])
     return angle_between_vectors(v1, v2)
コード例 #6
0
ファイル: torsion.py プロジェクト: SahanGH/psi4public 
 def e(j, k):
     ev = LightVector.l_sub(args[k-1], args[j-1]); ev.normalize()
     return ev
コード例 #7
0
ファイル: torsion.py プロジェクト: SahanGH/psi4public 
 def e(j, k):
     ev = LightVector.l_sub(xyz[k-1], xyz[j-1]); ev.normalize()
     return ev
コード例 #8
0
 def value_for_xyz(cls, xyz):
     """
     """
     return LightVector.l_sub(xyz[1], xyz[0]).magnitude()
コード例 #9
0
ファイル: bond_angle.py プロジェクト: SahanGH/psi4public 
 def value_for_xyz(cls, xyz):
     v1 = LightVector.l_sub(xyz[0], xyz[1])
     v2 = LightVector.l_sub(xyz[2], xyz[1])
     return angle_between_vectors(v1, v2)
コード例 #10
0
ファイル: bond_length.py プロジェクト: SahanGH/psi4public 
 def value_for_xyz(cls, xyz):
     """
     """
     return LightVector.l_sub(xyz[1], xyz[0]).magnitude()