Python runShellCommandの例

コード例 #1

def getLiftUpBedFile(halPath, genomeName, genomeBedPath, outBedPath):
    parentName = getParentGenomeName(halPath, genomeName)

    runShellCommand(
        "halLiftover %s %s %s %s %s_lotmp" %
        (halPath, genomeName, genomeBedPath, parentName, outBedPath))

    runShellCommand("cat %s_lotmp |sortBed |mergeBed > %s && rm -f %s_lotmp" %
                    (outBedPath, outBedPath, outBedPath))

コード例 #2

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getLiftUpBedFile(halPath, genomeName, genomeBedPath, outBedPath):
    parentName = getParentGenomeName(halPath, genomeName)
    
    runShellCommand("halLiftover %s %s %s %s %s_lotmp" % (halPath,
                                                          genomeName,
                                                          genomeBedPath,
                                                          parentName,
                                                          outBedPath))

    runShellCommand("cat %s_lotmp |sortBed |mergeBed > %s && rm -f %s_lotmp" %
                    (outBedPath, outBedPath, outBedPath))

コード例 #3

ファイル: halTreeNIBackground.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getHalTreeBackground(halPath, args, rootName=None):
    root = rootName
    if root is None:
        root = getHalRootName(halPath)
    for child in getHalChildrenNames(halPath, root):
        bgFile = os.path.join(args.workDir, args.backgroundBedName % child)
        if args.ar is True:
            command = "halMaskExtract %s %s --maskFile %s --extend %d --extendPct %f" % (halPath, child, bgFile, args.arExtend, args.arExtendPct)
        else:
            command = "halStats %s --bedSequences %s > %s" % (halPath, child,
                                                              bgFile)
        print command
        runShellCommand(command)
        getHalTreeBackground(halPath, args, child)

コード例 #4

ファイル: halTreeNIBackground.py プロジェクト: 5l1v3r1/hal-1

def getHalTreeBackground(halPath, args, rootName=None):
    root = rootName
    if root is None:
        root = getHalRootName(halPath)
    for child in getHalChildrenNames(halPath, root):
        bgFile = os.path.join(args.workDir, args.backgroundBedName % child)
        if args.ar is True:
            command = "halMaskExtract %s %s --maskFile %s --extend %d --extendPct %f" % (halPath, child, bgFile, args.arExtend, args.arExtendPct)
        else:
            command = "halStats %s --bedSequences %s > %s" % (halPath, child,
                                                              bgFile)
        print(command)
        runShellCommand(command)
        getHalTreeBackground(halPath, args, child)

コード例 #5

ファイル: halTreeNIConservation.py プロジェクト: 5l1v3r1/hal-1

def genomeLength(halPath, genome):
    command = "halStats %s --bedSequences %s" % (halPath, genome)
    genomeBed = runShellCommand(command)
    length = 0
    for line in genomeBed.split("\n"):
        tokens = line.split()
        if len(tokens) > 2:
            length += int(tokens[2])
    return length

コード例 #6

ファイル: halTreeNIConservation.py プロジェクト: pombredanne/hal-1

def genomeLength(halPath, genome):
    command = "halStats %s --bedSequences %s" % (halPath, genome)
    genomeBed = runShellCommand(command)
    length = 0
    for line in genomeBed.split("\n"):
        tokens = line.split()
        if len(tokens) > 2:
            length += int(tokens[2])
    return length

コード例 #7

def getSortBed(inBed, outBed=None):
    if outBed is None:
        runShellCommand("sortBed -i %s > %s_temp && mv %s_temp %s" %
                        (inBed, inBed, inBed, inBed))
    else:
        runShellCommand("sortBed -i %s > %s" % (inBed, outBed))

コード例 #8

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getUnionBed(inBed1, inBed2, outBed):
    runShellCommand("cat %s %s | sortBed | mergeBed > %s" % (inBed1, inBed2,
                                                             outBed))

コード例 #9

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getSortBed(inBed, outBed = None):
    if outBed is None:
        runShellCommand("sortBed -i %s > %s_temp && mv %s_temp %s" % (
            inBed, inBed, inBed, inBed))
    else:
        runShellCommand("sortBed -i %s > %s" % (inBed, outBed))

コード例 #10

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getIntersectBed(inBed1, inBed2, outBed):
    runShellCommand("intersectBed -a %s -b %s > %s" % (inBed1, inBed2, outBed))

コード例 #11

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getSubtractBed(inBed1, inBed2, outBed):
    runShellCommand("subtractBed -a %s -b %s > %s" % (inBed1, inBed2, outBed))

コード例 #12

def getBranchLength(halPath, genomeName):
    return float(
        runShellCommand("halStats %s --branchLength %s" %
                        (halPath, genomeName)).strip("\n"))

コード例 #13

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getAlignedBed(halPath, genomeName, outBedPath):
    runShellCommand("halAlignedExtract %s %s | sortBed | mergeBed> %s" %
                    (halPath, genomeName, outBedPath))

コード例 #14

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getBranchLength(halPath, genomeName):
    return float(runShellCommand("halStats %s --branchLength %s" % (
        halPath, genomeName)).strip("\n"))

コード例 #15

ファイル: turnoverRate.py プロジェクト: glennhickey/hal

def getParentGenomeName(halPath, genomeName):
    return runShellCommand("halStats %s --parent %s" % (
        halPath, genomeName)).strip("\n")

コード例 #16

def getParentGenomeName(halPath, genomeName):
    return runShellCommand("halStats %s --parent %s" %
                           (halPath, genomeName)).strip("\n")

コード例 #17

def getUnionBed(inBed1, inBed2, outBed):
    runShellCommand("cat %s %s | sortBed | mergeBed > %s" %
                    (inBed1, inBed2, outBed))

コード例 #18

def getSubtractBed(inBed1, inBed2, outBed):
    runShellCommand("subtractBed -a %s -b %s > %s" % (inBed1, inBed2, outBed))

コード例 #19

def getIntersectBed(inBed1, inBed2, outBed):
    runShellCommand("intersectBed -a %s -b %s > %s" % (inBed1, inBed2, outBed))

コード例 #20

def getAlignedBed(halPath, genomeName, outBedPath):
    runShellCommand("halAlignedExtract %s %s | sortBed | mergeBed> %s" %
                    (halPath, genomeName, outBedPath))