コード例 #1
0
ファイル: makecyclicalkane.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def makecyclicalkane(n):
    assert n >= 3

    r = CClen/2.0 / math.sin(math.pi/n)
    coords = []
    for i in range(n):
        angle = math.pi * 2.0 * i / n
        coords.append([r * math.cos(angle),
                       r * math.sin(angle),
                       random()*0.1])

    mol = molecule.Molecule()
    C = atom.Atom(6, get_c_type(n))
    H = atom.Atom(1,5)
    for i in range(n):
        mol.addatom(C, coords[i])
    for i in range(n):
        mol.addatom(H, mol.coords[i] 
                       + numpy.array([random()*0.5,random()*0.5, random()*0.5]))
        mol.addatom(H, mol.coords[i] 
                       + numpy.array([random()*0.5,random()*0.5, random()*0.5]))
    for i in range(n):
        mol.buildconnect(i, (i+1)%n)
        mol.buildconnect(i, n+i*2)
        mol.buildconnect(i, n+i*2+1)
    #CCS2.shakeH(mol.coords, CCS2.getshakeHdata(mol))
    #     newmol, newene = Tinker.minimizemol(mol, "mm2")
    write.writexyz(mol, sys.stdout)
コード例 #2
0
ファイル: removepbc.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def removepbc(xyzfname, pbc):
    for mol in mtxyz.Mtxyz(file(xyzfname)):
        coords = mol.coords
        origin = coords[0]
        for i in range(1, len(coords)):
            coords[i] = nearestmirror(coords[i], origin, pbc)
        write.writexyz(mol)
コード例 #3
0
ファイル: tinker.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def _writemoltotempfile(mol, dir=None):
    if dir is None:
        dir = os.getcwd()
    ofile = tempfile.NamedTemporaryFile(dir=dir)
    write.writexyz(mol, ofile)
    ofile.flush()
    return ofile
コード例 #4
0
ファイル: gjf2xyz.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def gjf2xyz(gjffname, ofile):
    if gjffname == '-':
        ifile = sys.stdin
    else:
        ifile = file(gjffname)
    write.writexyz(read.readgjf(ifile), ofile)
    ofile.close()
コード例 #5
0
ファイル: settype.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def settype(xyzfile, typefile):
    mol = read.readxyz(xyzfile)
    types = tuple(_gettypes(typefile))
    assert len(mol) == len(types), "%s - %s" % (len(mol), len(types))
    for idx, atype in enumerate(types):
        mol.settype(idx, atype)
    write.writexyz(mol, sys.stdout)
コード例 #6
0
ファイル: utils.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def mirrormol():
    if len(sys.argv) != 2:
        sys.stderr.write('Usage: %s <xyzfname>\n' % os.path.basename(sys.argv[0]))
        sys.exit(1)
    mol = read.readxyz(file(sys.argv[1]))
    mol.coords = -mol.coords
    write.writexyz(mol)
コード例 #7
0
 def test_1(self):
     mol = read.readxyz(StringIO(test_in))
     mol = loads(dumps(mol))
     ofile = StringIO()
     write.writexyz(mol, ofile)
     for line1, line2 in zip(ofile.getvalue().splitlines(),
                             test_in.splitlines()):
         self.assertEqual(line1, line2)
コード例 #8
0
ファイル: mtxyz2txyz.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def mtxyz2txyz(ifile, ofilenamepattern):
    i = 1
    while 1:
        try:
            ofname = ofilenamepattern % i
            mol = read.readxyz(ifile)
            write.writexyz(mol, file(ofname, 'w'))
        except:
            break
        i += 1
コード例 #9
0
ファイル: dmddat2mtxyz.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def dmddat2mtxyz(dmddatfile, molfile, ofile, select_frames=None):
    aDmddat = dmddat.Dmddat(dmddatfile)
    mol = read.readxyz(molfile)

    if select_frames is None:
        select_frames = range(aDmddat.framenum)

    for frame_idx in select_frames:
        aDmddat.seek_frame(frame_idx)
        frame = aDmddat.next().coords
        for i in range(len(frame)):
            mol.coords[i] = molecule.CoordType(frame[i])
        write.writexyz(mol, ofile, comment = 'frame: %i' % (frame_idx+1))
コード例 #10
0
ファイル: shake.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def shake1(mol, dats, ofile):
    for i in range(100):
        newmol = new_struct(mol)
        err_dats = get_status(newmol, dats)
        for j in range(500):
            if not err_dats:
                write.writexyz(newmol, ofile)
                return True
            print i, j, len(err_dats)
            random.shuffle(err_dats)
            newmol, err_dats = shake2(newmol, dats, err_dats)
    print "failed."
    return False
コード例 #11
0
ファイル: tinker.py プロジェクト: lidaobing/itcc
    def newton_mol(self, mol, forcefield,
                   converge = 0.01, prefix=None):
        """newton_mol(mol, forcefield, converge = 0.01, prefix=None) -> (Molecule, Float)
        optimized the mol with newton, and return the optimized energy
        """
        forcefield = getparam(forcefield)

        if curdir:
            if prefix is None:
                ifname = 'tinker.xyz'
            else:
                ifname = prefix + '.xyz'
            ofile = file(ifname, 'w')
        else:
            ofile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.xyz')
            ifname = ofile.name
        write.writexyz(mol, ofile)
        ofile.flush()

        ofname = ifname + '_2'

        ifile = subprocess.Popen(['newton', ifname, forcefield, 'A', 'A', str(converge)],
                                 stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]

        result = None

        lines = ifile.splitlines()

        if self.log_iter:
            self.do_log_iter(lines)

        for line in lines:
            if line.startswith(' Final Function'):
                result = float(line.split()[-1])
                break


        if result is None:
            sys.stdout.writelines(lines)
            raise RuntimeError, ifname
        try:
            newmol = read.readxyz(file(ofname))
        except:
            print ifname, ofname
            raise
        ofile.close()
        os.remove(ofname)
        if curdir:
            os.remove(ifname)
        return newmol, result
コード例 #12
0
ファイル: addmethyl.py プロジェクト: lidaobing/itcc
    def __call__(self, ifile, ofile, idxs):
        mol = read.readxyz(ifile)

        ns = []

        for i in range(len(mol)):
            if mol.atoms[i].no == 7:
                ns.append(i)

        for i in idxs:
            assert i < len(ns)
            self.add_one_methyl(mol, ns[i])

        write.writexyz(mol, ofile)
コード例 #13
0
ファイル: tinker.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def optimize_minimize_mol(cmdname, mol, forcefield,
                          converge = 0.01, prefix=None):
    """optimizemol(mol, forcefield, converge = 0.01) -> (Molecule, Float)
    optimized the mol, and return the optimized energy
    """
    progpath = os.path.join(TINKERDIR, cmdname)
    forcefield = getparam(forcefield)

    if curdir:
        if prefix is None:
            ifname = 'tinker.xyz'
        else:
            ifname = prefix + '.xyz'
        ofile = file(ifname, 'w')
    else:
        ofile = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.xyz')
        ifname = ofile.name
    write.writexyz(mol, ofile)
    ofile.flush()

    ofname = ifname + '_2'

    lines = subprocess.Popen([progpath, ifname, forcefield, str(converge)],
                             stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0].splitlines()

    result = None

    for line in lines:
        if line.find('Function') != -1:
            result = float(line.split()[-1])
            break


    if result is None:
        sys.stdout.writelines(lines)
        raise RuntimeError, ifname
    try:
        newmol = read.readxyz(file(ofname))
    except:
        print ifname, ofname
        raise
    ofile.close()
    os.remove(ofname)
    if curdir:
        os.remove(ifname)

    return newmol, result
コード例 #14
0
ファイル: rotate_to.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def rotate_to(idx_ifile, mol_ifile, ofile):
    mol = read.readxyz(mol_ifile)

    idxs = []
    coords = []
    for line in idx_ifile:
        if not line.strip() or line.strip()[0] == '#':
            continue
        words = line.split()
        assert len(words) == 4

        idx = int(words[0]) - 1
        assert 0 <= idx < len(mol)
        
        idxs.append(idx)
        coords.append([float(x) for x in words[1:]])

    coords = numpy.array(coords)

    res = _rmsd.rmsd2(coords, mol.coords.take(idxs, axis=0))
    mat = numpy.array(res[1])
    mol.coords = numpy.dot(mat[:3,:3], mol.coords.transpose()).transpose() + mat[:3,3]
    write.writexyz(mol, ofile)
コード例 #15
0
ファイル: scalexyz.py プロジェクト: lidaobing/itcc
def scalexyz(ifname, scaleratio):
    mol = read.readxyz(file(ifname))
    mol.coords = [coord * scaleratio for coord in mol.coords]
    write.writexyz(mol)
コード例 #16
0
ファイル: loopclosure2.py プロジェクト: lidaobing/itcc
 def writemol(self, mol, ene):
     write.writexyz(mol, self.tmp_mtxyz_file, '%.4f' % ene)