コード例 #1
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ファイル: dnaseqlib.py プロジェクト: ujs/deeplearning 
def compareSequences(getExactSubmatches, imgfile, imgsize, afile, bfile, k, m):
    a = kfasta.FastaSequence(afile)
    b = kfasta.FastaSequence(bfile)
    matches = getExactSubmatches(a, b, k, m)
    buildComparisonImage(imgfile, imgsize[0], imgsize[1],
                         kfasta.getSequenceLength(afile),
                         kfasta.getSequenceLength(bfile), matches)
コード例 #2
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def compareFasta(getExactSubmatches, afile, bfile, k):
    a = kfasta.FastaSequence(afile)
    b = kfasta.FastaSequence(bfile)
    return getExactSubmatchesByInterval(a, b, k, 100)