コード例 #1
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: mark-chimes/labsuite
 def test_compile_dna_rvd_mix(self):
     """
     Compile DNA and RVD mixture.
     """
     text = pfusx.compile('NI NN NN NN HD NG NI NI NG NN NI NG NI NN NG',
                          'ATACCGTCTTATTTT')
     json.loads(text)
コード例 #2
0
def compile(text=None):
    """
    Send provided code to the designated compiler and outputs a JSON
    object detailing success or failure.

    Success looks like:

        {
            "success": true,
            "compiled_url": "http://example.com/rendered/foo.json",
            "return_data": {"description":"A1: atcgtactgatc"} 
        }

    Failure looks like:

        {
            "success": false,
            "errors": ["First input should be different."]
        }

    Errors can be output to the user and vary by compiler. They're often
    related to specific Mix.Bio form fields.
    """
    text = request.args.get('input').strip().split('\n')

    if not text:
        return "handle_response(" + json.dumps({
            'success': False,
            'errors': ["No input provided."]
        }) + ")"

    # Compile the protocol, return any errors.
    try:
        protocol = pfusx.compile(*text)
    except Exception as e:
        return "handle_response(" + json.dumps({
            'success': False,
            'errors': [str(e)]
        }) + ")"

    description = json.loads(protocol)["info"]["description"]

    # Save the data as a hash in the public dir where it can be downloaded.
    content_hash = hashlib.sha224(protocol.encode('utf-8')).hexdigest()
    fpath = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) + "/static/protocols/"
    fname = "ot_one_" + content_hash + ".json"

    with open(fpath + fname, 'w') as f:
        f.write(protocol)

    output = {
        "success": True,
        "filename": 'https://api.mix.bio/static/protocols/' + fname,
        "return_data": {
            "description": description
        }
    }

    return "handle_response(" + json.dumps(output) + ")"
コード例 #3
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: nebkor/labware
 def test_compile_dna_rvd_mix(self):
     """
     Compile DNA and RVD mixture.
     """
     text = pfusx.compile(
         'NI NN NN NN HD NG NI NI NG NN NI NG NI NN NG',
         'ATACCGTCTTATTTT'
     )
     json.loads(text)
コード例 #4
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: nebkor/labware
 def test_compile_invalid_sequence(self):
     """
     Compiler validates input.
     """
     with self.assertRaises(ValueError):
         pfusx.compile("Cats with laser eyes.")
コード例 #5
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: nebkor/labware
 def test_compile_short_dna_input(self):
     """
     Compiler should return error on short input.
     """
     with self.assertRaises(ValueError):
         pfusx.compile('GATTACA')
コード例 #6
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: nebkor/labware
 def test_compile_multi_dna(self):
     """
     Should compile multiple DNA sequences.
     """
     text = pfusx.compile('ATACCGTCTTATTTT', 'ATACCGTCTTATTTA')
     json.loads(text)
コード例 #7
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: nebkor/labware
 def test_compile_dna(self):
     """
     Should compile single DNA sequence.
     """
     text = pfusx.compile('ATACCGTCTTATTTT')
     json.loads(text)
コード例 #8
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: mark-chimes/labsuite
 def test_compile_invalid_sequence(self):
     """
     Compiler validates input.
     """
     with self.assertRaises(ValueError):
         pfusx.compile("Cats with laser eyes.")
コード例 #9
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: mark-chimes/labsuite
 def test_compile_short_dna_input(self):
     """
     Compiler should return error on short input.
     """
     with self.assertRaises(ValueError):
         pfusx.compile('GATTACA')
コード例 #10
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: mark-chimes/labsuite
 def test_compile_multi_dna(self):
     """
     Should compile multiple DNA sequences.
     """
     text = pfusx.compile('ATACCGTCTTATTTT', 'ATACCGTCTTATTTA')
     json.loads(text)
コード例 #11
0
ファイル: test_pfusx.py プロジェクト: mark-chimes/labsuite
 def test_compile_dna(self):
     """
     Should compile single DNA sequence.
     """
     text = pfusx.compile('ATACCGTCTTATTTT')
     json.loads(text)