Python find_energy_minの例

コード例 #1

ファイル: test_optimizers.py プロジェクト: glyg/leg-joint

def test_fmin():
    eptm = lj.Epithelium(graphXMLfile=lj.data.small_xml(),
                         save_dir=tmp_dir,
                         identifier='test_epithelium',
                         copy=True)
    eptm.isotropic_relax()
    mother_cell = _get_cell(eptm)
    area0 = eptm.cells.areas[mother_cell]
    growth_rate = 1.5
    eptm.cells.prefered_vol[mother_cell] *= growth_rate
    eptm.set_local_mask(None)
    eptm.set_local_mask(mother_cell, wider=True)
    pos0, pos1 = lj.find_energy_min(eptm)
    print(eptm.cells.areas[mother_cell] / area0)
    assert_almost_equal(eptm.cells.areas[mother_cell] / area0,
                        1.568, decimal=3)

コード例 #2

ファイル: test_optimizers.py プロジェクト: glyg/leg-joint

def test_fmin():
    eptm = lj.Epithelium(graphXMLfile=lj.data.small_xml(),
                         save_dir=tmp_dir,
                         identifier='test_epithelium',
                         copy=True)
    eptm.isotropic_relax()
    mother_cell = _get_cell(eptm)
    area0 = eptm.cells.areas[mother_cell]
    growth_rate = 1.5
    eptm.cells.prefered_vol[mother_cell] *= growth_rate
    eptm.set_local_mask(None)
    eptm.set_local_mask(mother_cell, wider=True)
    pos0, pos1 = lj.find_energy_min(eptm)
    print(eptm.cells.areas[mother_cell] / area0)
    assert_almost_equal(eptm.cells.areas[mother_cell] / area0,
                        1.568,
                        decimal=3)

コード例 #3

ファイル: nb_init.py プロジェクト: glyg/leg-joint

def show_optimisation(eptm, **kwargs):
    #eptm.update_gradient()
    pos0, pos1 = lj.find_energy_min(eptm, **kwargs)
    return pos0, pos1

コード例 #4

def show_optimisation(eptm, **kwargs):
    #eptm.update_gradient()
    pos0, pos1 = lj.find_energy_min(eptm, **kwargs)
    return pos0, pos1