Python local_confの例

コード例 #1

ファイル: __main__.py プロジェクト: zertan/PTR-Pipeline

def run_init_command(args):
    config=local_conf(CWD,'bowtie2','','1')
    if args.email:
        config['email']=args.email
    copy(os.path.join(CODE_DIR,'test', 'searchStrings'),CWD)
    make_dirs(config)
    save_config(config)
    return config

コード例 #2

ファイル: __main__.py プロジェクト: zertan/PTR-Pipeline

def run_test_command(args):
    conf = local_conf(CWD,'bowtie2','','1')
    if args.email:
        conf['email']=args.email
    make_dirs(conf)
    copy(os.path.join(CODE_DIR,'test','comm00_1.fastq'),os.path.join(CWD,'Data'))
    copy(os.path.join(CODE_DIR,'test','comm00_2.fastq'),os.path.join(CWD,'Data'))
    copy(os.path.join(CODE_DIR,'test','searchStrings'),CWD)
    save_config(conf)
    return conf