Python negbin_solverの例

コード例 #1

ファイル: SAD-Models.py プロジェクト: retta95/residence-time

 def get_rad_from_obs(self):
     if self.dist == 'negbin':
         n, p = negbin_solver(self.obs)
         pred_rad = self.get_rad_negbin(len(self.obs), n, p)
     elif self.dist == 'pln':
         mu, sigma = pln_solver(self.obs)
         pred_rad = self.get_rad_pln(len(self.obs), mu, sigma)
     return (pred_rad, mu, sigma)

コード例 #2

ファイル: pln.py プロジェクト: wrshoemaker/SADModels

def get_rad_from_obs(ab, dist):
    if dist == 'negbin':
        n, p = negbin_solver(ab)
        pred_rad = get_rad_negbin(len(ab), n, p)
    elif dist == 'pln':
        mu, sigma = pln_solver(ab)
        pred_rad = get_rad_pln(len(ab), mu, sigma)
    return pred_rad

コード例 #3

ファイル: models.py プロジェクト: klocey/MicroMETE

 def get_rad_from_obs(self):
     if self.dist == 'negbin':
         n, p = negbin_solver(self.obs)
         pred_rad = self.get_rad_negbin(len(self.obs), n, p)
     elif self.dist == 'pln':
         mu, sigma = pln_solver(self.obs)
         pred_rad = self.get_rad_pln(len(self.obs), mu, sigma)
     return pred_rad

コード例 #4

ファイル: pln.py プロジェクト: klocey/MicroMETE

def get_rad_from_obs(ab, dist):
    if dist == 'negbin':
        n, p = negbin_solver(ab)
        pred_rad = get_rad_negbin(len(ab), n, p)
    elif dist == 'pln':
        mu, sigma = pln_solver(ab)
        pred_rad = get_rad_pln(len(ab), mu, sigma)
    return pred_rad

コード例 #5

def get_par_multi_dists(ab, dist_name):
    """Returns the parameters given the observed abundances and the designated distribution."""
    if dist_name == 'logser':
        beta = mete.get_beta(len(ab), sum(ab), version='untruncated')
        par = (np.exp(-beta), )
    elif dist_name == 'pln':
        par = md.pln_solver(ab)
    elif dist_name == 'geom':
        par = (len(ab) / sum(ab), )
    elif dist_name == 'negbin':
        par = md.negbin_solver(ab)
        if np.isnan(par[0]):
            par = None
    elif dist_name == 'zipf':
        par = (md.zipf_solver(ab), )
    else:
        print "Error: distribution not recognized."
        par = None
    return par

コード例 #6

ファイル: sad_comparison_functions.py プロジェクト: davharris/sad-comparison

def get_par_multi_dists(ab, dist_name):
    """Returns the parameters given the observed abundances and the designated distribution."""
    if dist_name == 'logser':
        beta = mete.get_beta(len(ab), sum(ab), version = 'untruncated')
        par = (np.exp(-beta), )
    elif dist_name == 'pln':
        par = md.pln_solver(ab)
    elif dist_name == 'geom':
        par = (len(ab) / sum(ab), )
    elif dist_name == 'negbin':
        par = md.negbin_solver(ab)
        if np.isnan(par[0]):
            par = None
    elif dist_name == 'zipf':
        par = (md.zipf_solver(ab), )
    else: 
        print "Error: distribution not recognized."
        par = None    
    return par