コード例 #1
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ファイル: tests.py プロジェクト: pombredanne/mamaslemonpy 
def setup():
    global sa
    indexname = "./gludna"
    sa = SuffixArray.from_indexname(indexname)
    sa.bwt_from_indexname(indexname)
    sa.occ_from_indexname(indexname)
    sa.pos_from_indexname(indexname)
    sa.seq_from_indexname(indexname)
コード例 #2
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ファイル: test_bms.py プロジェクト: pombredanne/mamaslemonpy 
def main(indexname, num=1000, length=200):
    sa = SuffixArray.from_indexname(indexname)
    sa.bwt_from_indexname(indexname)
    sa.occ_from_indexname(indexname)
    for i in range(num):
        print("PATTERN",i)
        pat, opt = random_pattern(length)
        run_ms(sa, pat, opt)
    pass