コード例 #1
0
ファイル: test_breakpoint2.py プロジェクト: bcgsc/mavis 
    def test_deletion_in_exon(self, egfr_evidence):
        bpp = BreakpointPair(
            Breakpoint('7', 55238890, orient=ORIENT.LEFT),
            Breakpoint('7', 55238899, orient=ORIENT.RIGHT),
            untemplated_seq='',
        )
        assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
            egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(-8)

        bpp = BreakpointPair(
            Breakpoint('7', 55238890, orient=ORIENT.LEFT),
            Breakpoint('7', 55238899, orient=ORIENT.RIGHT),
            untemplated_seq='GTAC',
        )
        assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
            egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(-4)
コード例 #2
0
ファイル: test_breakpoint2.py プロジェクト: bcgsc/mavis 
 def test_deletion_across_intron(self, egfr_evidence):
     # 55240539_55240621  55323947_55324313
     bpp = BreakpointPair(
         Breakpoint('7', 55240610, orient=ORIENT.LEFT),
         Breakpoint('7', 55323950, orient=ORIENT.RIGHT),
         untemplated_seq='GTAC',
     )
     assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
         egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(-10)
     # 55210998_55211181 55218987_55219055
     bpp = BreakpointPair(
         Breakpoint('7', 55211180, orient=ORIENT.LEFT),
         Breakpoint('7', 55218990, orient=ORIENT.RIGHT),
         untemplated_seq='',
     )
     assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
         egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(-4 + -135, -4)
コード例 #3
0
ファイル: test_breakpoint2.py プロジェクト: bcgsc/mavis 
 def test_insertion_at_exon_start(self, egfr_evidence):
     # 55238868_55238906
     bpp = BreakpointPair(
         Breakpoint('7', 55233130, orient=ORIENT.LEFT),
         Breakpoint('7', 55238868, orient=ORIENT.RIGHT),
         untemplated_seq='TTATCG',
     )
     assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
         egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(6)
コード例 #4
0
ファイル: test_breakpoint2.py プロジェクト: bcgsc/mavis 
 def test_indel_in_intron(self, egfr_evidence):
     # 55238868_55238906
     bpp = BreakpointPair(
         Breakpoint('7', 5523700, orient=ORIENT.LEFT),
         Breakpoint('7', 5523751, orient=ORIENT.RIGHT),
         untemplated_seq='TTATCG',
     )
     assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
         egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(-44)
コード例 #5
0
ファイル: test_breakpoint2.py プロジェクト: bcgsc/mavis 
 def test_insertion_at_exon_start_mixed(self, egfr_evidence):
     # EXON 15: 55232973-55233130
     # EXON 16: 55238868-55238906
     # EXON 17: 55240676-55240817
     bpp = BreakpointPair(
         Breakpoint('7', 55238867, orient=ORIENT.LEFT),
         Breakpoint('7', 55238868, orient=ORIENT.RIGHT),
         untemplated_seq='TTATCG',
     )
     assert bpp.net_size(lambda p1, p2: TranscriptomeEvidence.distance(
         egfr_evidence, p1, p2)) == Interval(6)
コード例 #6
0
ファイル: test_breakpoint.py プロジェクト: stevetsa/mavis 
 def egfr_distance(self, pos1, pos2):
     return TranscriptomeEvidence.distance(self.evidence, pos1, pos2)