コード例 #1
0
def to_mdtraj_Topology(item, atom_indices='all', check=True):

    if check:

        digest_item(item, 'file:mol2')
        atom_indices = digest_atom_indices(atom_indices)

    from mdtraj import load_mol2
    from ..mdtraj_Topology import extract as extract_mdtraj_Topology

    tmp_item = load_mol2(item).topology
    tmp_item = extract_mdtraj_Topology(tmp_item)

    return tmp_item
コード例 #2
0
def to_mdtraj_Trajectory(item,
                         atom_indices='all',
                         structure_indices='all',
                         check=True):

    if check:

        digest_item(item, 'file:mol2')
        atom_indices = digest_atom_indices(atom_indices)
        structure_indices = digest_structure_indices(structure_indices)

    from mdtraj import load_mol2
    from ..mdtraj_Trajectory import extract as extract_mdtraj_Trajectory

    tmp_item = load_mol2(item)
    tmp_item = extract_mdtraj_Trajectory(tmp_item)

    return tmp_item
コード例 #3
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: hseara/mdtraj
def test_mol2_without_bonds(get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn('li.mol2'))
    assert trj.topology.n_bonds == 0
コード例 #4
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: hseara/mdtraj
def test_mol2_status_bits(get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn('status-bits.mol2'))
    eq(trj.topology.n_atoms, 18)
    eq(trj.topology.n_bonds, 18)
コード例 #5
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: hseara/mdtraj
def test_mol2_warnings(get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn('lysozyme-ligand-tripos.mol2'))
コード例 #6
0
def test_mol2_status_bits():
    trj = md.load_mol2(get_fn('status-bits.mol2'))
    eq(trj.topology.n_atoms, 18)
    eq(trj.topology.n_bonds, 18)
コード例 #7
0
def test_mol2_warnings():
    trj = md.load_mol2(get_fn('lysozyme-ligand-tripos.mol2'))
コード例 #8
0
def test_mol2_without_bonds():
    trj = md.load_mol2(get_fn('li.mol2'))
    assert trj.topology.n_bonds == 0
コード例 #9
0
def _create_pdb_and_topology(molecule, file_path):
    """Creates a uniform PDB file and `mdtraj.Topology` from an
    openeye molecule.
    Parameters
    ----------
    molecule: openeye.oechem.OEChem
        The component to create the PDB and topology for.
    file_path: str
        The path pointing to where the PDB file should be created.
    Returns
    -------
    mdtraj.Topology
        The topology of the created PDB file.
    """
    import mdtraj
    from mdtraj.core import residue_names

    from openeye import oechem

    # Create a temporary mol2 file using OE, change its
    # residue name (sometimes OE assigns the molecule an
    # amino acid residue name even if that molecule is not
    # an amino acid, e.g. C(CO)N is not Gly), save the
    # altered object as a pdb.
    with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix='.mol2') as mol2_file:

        mol2_flavor = oechem.OEOFlavor_MOL2_DEFAULT

        ofs = oechem.oemolostream(mol2_file.name)
        ofs.SetFlavor(oechem.OEFormat_MOL2, mol2_flavor)

        oechem.OEWriteConstMolecule(ofs, molecule)
        ofs.close()

        # Load in the OE created mol2 file.
        oe_mol2 = mdtraj.load_mol2(mol2_file.name)
        smiles = oechem.OEMolToSmiles(molecule)

        # Choose a random residue name.
        residue_map = {}

        for residue in oe_mol2.topology.residues:

            residue_map[residue.name] = None

            if smiles == 'O':
                residue_map[residue.name] = 'HOH'

            elif smiles == '[Cl-]':

                residue_map[residue.name] = 'Cl-'

                for atom in residue.atoms:
                    atom.name = 'Cl-'

            elif smiles == '[Na+]':

                residue_map[residue.name] = 'Na+'

                for atom in residue.atoms:
                    atom.name = 'Na+'

        for original_residue_name in residue_map:

            if residue_map[original_residue_name] is not None:
                continue

            # Make sure the residue is not already reserved, as this can occasionally
            # result in bonds being automatically added in the wrong places when
            # loading the pdb file either through mdtraj or openmm
            forbidden_residue_names = [
                *residue_names._AMINO_ACID_CODES,
                *residue_names._SOLVENT_TYPES, *residue_names._WATER_RESIDUES,
                'ADE', 'CYT', 'CYX', 'DAD', 'DGU', 'FOR', 'GUA', 'HID', 'HIE',
                'HIH', 'HSD', 'HSH', 'HSP', 'NMA', 'THY', 'URA'
            ]

            new_residue_name = ''.join(
                [random.choice(string.ascii_uppercase) for _ in range(3)])

            while new_residue_name in forbidden_residue_names:
                # Re-choose the residue name until we find a safe one.
                new_residue_name = ''.join(
                    [random.choice(string.ascii_uppercase) for _ in range(3)])

            residue_map[original_residue_name] = new_residue_name

        for residue in oe_mol2.topology.residues:
            residue.name = residue_map[residue.name]

        # Create the final pdb file.
        oe_mol2.save_pdb(file_path)

    return oe_mol2.topology
コード例 #10
0
ファイル: make_box.py プロジェクト: joelaforet/CoAggregators
def mol2_to_pdb(mol2_filename):
    #convert PDB file with this name, to be used for Packmol input
    struct = md.load_mol2(mol2_filename)
    struct.save_pdb(mol2_filename[:-4] + 'pdb')
コード例 #11
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: jrossyra/mdtraj-nogeo
def test_load_all_mol2(mol2_file, get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn(mol2_file))
コード例 #12
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: jrossyra/mdtraj-nogeo
def test_mol2_element_name(get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn('cl.mol2'))
    top, bonds = trj.top.to_dataframe()
    assert top.iloc[0]['element'] == 'Cl'
コード例 #13
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: mdtraj/mdtraj
def test_load_all_mol2(mol2_file, get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn(mol2_file))
コード例 #14
0
ファイル: test_mol2.py プロジェクト: mdtraj/mdtraj
def test_mol2_element_name(get_fn):
    trj = md.load_mol2(get_fn('cl.mol2'))
    top, bonds = trj.top.to_dataframe()
    assert top.iloc[0]['element'] == 'Cl'