Python DCDTrajectoryFile.writeの例

コード例 #1

ファイル: test_dcd.py プロジェクト: proteneer/mdtraj

def test_write_2():
    xyz = np.array(np.random.randn(500, 10, 3), dtype=np.float32)
    box_lengths = 25 * np.ones((500, 3), dtype=np.float32)
    box_angles = 90 * np.ones((500, 3), dtype=np.float32)
    box_lengths[0,0] = 10.0

    f = DCDTrajectoryFile(temp, 'w')
    f.write(xyz, box_lengths, box_angles)
    f.close()

    f = DCDTrajectoryFile(temp)
    xyz2, box_lengths2, box_angles2 = f.read()
    f.close()

    yield lambda: eq(xyz, xyz2)
    yield lambda: eq(box_lengths, box_lengths2)
    yield lambda: eq(box_angles, box_angles2)

コード例 #2

ファイル: test_dcd.py プロジェクト: gkiss/mdtraj

def test_write_2():
    xyz = np.array(np.random.randn(500, 10, 3), dtype=np.float32)
    box_lengths = 25 * np.ones((500, 3), dtype=np.float32)
    box_angles = 90 * np.ones((500, 3), dtype=np.float32)
    box_lengths[0, 0] = 10.0

    f = DCDTrajectoryFile(temp, 'w')
    f.write(xyz, box_lengths, box_angles)
    f.close()

    f = DCDTrajectoryFile(temp)
    xyz2, box_lengths2, box_angles2 = f.read()
    f.close()

    yield lambda: eq(xyz, xyz2)
    yield lambda: eq(box_lengths, box_lengths2)
    yield lambda: eq(box_angles, box_angles2)

コード例 #3

ファイル: test_dcd.py プロジェクト: proteneer/mdtraj

def test_write_closed():
    f = DCDTrajectoryFile(fn_dcd, 'w')
    f.close()
    f.write(np.random.randn(10,3,3))

コード例 #4

ファイル: test_dcd.py プロジェクト: gkiss/mdtraj

def test_write_closed():
    f = DCDTrajectoryFile(fn_dcd, 'w')
    f.close()
    f.write(np.random.randn(10, 3, 3))