コード例 #1
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ファイル: test_utils.py プロジェクト: prashnts/miRmap
  def test_flatten(self):
    i1 = range(2)
    i2 = range(10, 12)

    self.assertEqual(
      utils.flatten([i1, i2]),
      [0, 1, 10, 11]
    )
コード例 #2
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ファイル: prob.py プロジェクト: prashnts/miRmap
def prob_motif(motif, alphabet, markov_order, transitions):
    """Computes the probability of a motif based on a transitions matrix"""
    transitions = utils.flatten(transitions)
    motifs = list(permutations(alphabet, markov_order+1))
    motifs_index = dict([(motifs[i], i) for i in range(len(motifs))])
    prob = 1.0
    for i in range(len(motif) - markov_order):
        prob *= transitions[motifs_index[motif[i:i+markov_order+1]]]
    return prob