コード例 #1
0
ファイル: test_moira.py プロジェクト: cnthornton/moira
 def testProcessForwardDataset(self):
     args.truncate = None
     args.paired = False
     args.forward_fastq = 'test/test1.fastq'
     args.reverse_fastq = None
     args.output_prefix = 'test/test_output/forward'
     args.output_compression = 'none'
     moira.main(args)
     self.assertEqual(
         open('test/test_output/forward.qc.good.fasta').read(),
         open('test/test_results/forward.qc.good.fasta').read())
     self.assertEqual(
         open('test/test_output/forward.qc.good.qual').read(),
         open('test/test_results/forward.qc.good.qual').read())
     self.assertEqual(
         open('test/test_output/forward.qc.good.names').read(),
         open('test/test_results/forward.qc.good.names').read())
     self.assertEqual(
         open('test/test_output/forward.qc.bad.fasta').read(),
         open('test/test_results/forward.qc.bad.fasta').read())
     self.assertEqual(
         open('test/test_output/forward.qc.bad.qual').read(),
         open('test/test_results/forward.qc.bad.qual').read())
     self.assertEqual(
         open('test/test_output/forward.qc.bad.names').read(),
         open('test/test_results/forward.qc.bad.names').read())
コード例 #2
0
ファイル: test_moira.py プロジェクト: cnthornton/moira
 def testCompression(self):
     args.truncate = None
     args.paired = True
     args.forward_fastq = 'test/test1.fastq.gz'
     args.reverse_fastq = 'test/test2.fastq.bz2'
     args.output_prefix = 'test/test_output/paired'
     args.output_compression = 'gz'
     moira.main(args)
     self.assertEqual(gzip.GzipFile('test/test_output/paired.qc.good.fasta.gz').read(), open('test/test_results/paired.qc.good.fasta').read())        
     args.output_compression = 'bz2'
     moira.main(args)
     self.assertEqual(bz2.BZ2File('test/test_output/paired.qc.good.fasta.bz2').read(), open('test/test_results/paired.qc.good.fasta').read())
コード例 #3
0
ファイル: test_moira.py プロジェクト: cnthornton/moira
 def testProcessPairedDataset(self):
     args.truncate = None
     args.paired = True
     args.forward_fastq = 'test/test1.fastq'
     args.reverse_fastq = 'test/test2.fastq'
     args.output_prefix = 'test/test_output/paired'
     args.output_compression = 'none'
     moira.main(args)
     self.assertEqual(open('test/test_output/paired.qc.good.fasta').read(), open('test/test_results/paired.qc.good.fasta').read())
     self.assertEqual(open('test/test_output/paired.qc.good.qual').read(), open('test/test_results/paired.qc.good.qual').read())
     self.assertEqual(open('test/test_output/paired.qc.good.names').read(), open('test/test_results/paired.qc.good.names').read())
     self.assertEqual(open('test/test_output/paired.qc.bad.fasta').read(), open('test/test_results/paired.qc.bad.fasta').read())
     self.assertEqual(open('test/test_output/paired.qc.bad.qual').read(), open('test/test_results/paired.qc.bad.qual').read())
     self.assertEqual(open('test/test_output/paired.qc.bad.names').read(), open('test/test_results/paired.qc.bad.names').read())
コード例 #4
0
ファイル: test_moira.py プロジェクト: cnthornton/moira
 def testCompression(self):
     args.truncate = None
     args.paired = True
     args.forward_fastq = 'test/test1.fastq.gz'
     args.reverse_fastq = 'test/test2.fastq.bz2'
     args.output_prefix = 'test/test_output/paired'
     args.output_compression = 'gz'
     moira.main(args)
     self.assertEqual(
         gzip.GzipFile('test/test_output/paired.qc.good.fasta.gz').read(),
         open('test/test_results/paired.qc.good.fasta').read())
     args.output_compression = 'bz2'
     moira.main(args)
     self.assertEqual(
         bz2.BZ2File('test/test_output/paired.qc.good.fasta.bz2').read(),
         open('test/test_results/paired.qc.good.fasta').read())