def test_prepare(self):
rmsds = [metrics.RMSD(), # all atom indices
metrics.RMSD(range(self.n_atoms)),
metrics.RMSD(xrange(self.n_atoms)),
metrics.RMSD(np.arange(self.n_atoms))]
for metric in rmsds:
ptraj = metric.prepare_trajectory(self.traj)
def test_all_pairwise(self):
sys.stderr = open('/dev/null')
for rmsd in [metrics.RMSD(), metrics.RMSD(omp_parallel=False)]:
ptraj = rmsd.prepare_trajectory(self.traj)
d1 = rmsd.all_pairwise(ptraj)
target = [ 0., 0.63297522, 0.63297522]
npt.assert_array_almost_equal(d1, target)
sys.stderr=sys.__stderr__
def test_prepare(self):
rmsds = [
metrics.RMSD(), # all atom indices
metrics.RMSD(range(self.n_atoms)),
metrics.RMSD(xrange(self.n_atoms)),
metrics.RMSD(np.arange(self.n_atoms))
]
for metric in rmsds:
ptraj = metric.prepare_trajectory(self.traj)
assert isinstance(ptraj, metrics.RMSD.TheoData)
ptraj.CheckCentered()
def test_all_pairwise(self):
sys.stderr = open('/dev/null')
for rmsd in [metrics.RMSD(), metrics.RMSD(omp_parallel=False)]:
ptraj = rmsd.prepare_trajectory(self.traj)
d1 = rmsd.all_pairwise(ptraj)
target = [0., 0.63297522, 0.63297522]
d2 = rmsd._square_all_pairwise(ptraj)
npt.assert_array_almost_equal(d1, target)
npt.assert_array_almost_equal(
d2, scipy.spatial.distance.squareform(target))
sys.stderr = sys.__stderr__
def test_one_to_many(self):
for rmsd in [metrics.RMSD(), metrics.RMSD(omp_parallel=False)]:
ptraj = rmsd.prepare_trajectory(self.traj)
for i in range(self.n_frames):
di = rmsd.one_to_many(ptraj, ptraj, 0, [i])
npt.assert_approx_equal(self.target[i], di)
def test_one_to_all(self):
for rmsd in [metrics.RMSD(), metrics.RMSD(omp_parallel=False)]:
ptraj = rmsd.prepare_trajectory(self.traj)
d0 = rmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0)
npt.assert_array_almost_equal(d0, self.target)