Python Multibindの例

コード例 #1

ファイル: test_4_state.py プロジェクト: Becksteinlab/multibind

 def setup(self):
     self.c = mb.Multibind()
     self.c.read_graph("../examples/input/4-state-diamond/graph.csv",
                       comment="#")
     self.c.read_states("../examples/input/4-state-diamond/states.csv")
     self.driver = mb.MultibindDriver(self.c)
     self.pH_range = np.arange(4, 5, 0.25)
     self.driver.create_tensor(self.pH_range)

コード例 #2

ファイル: test_4_state_sodium_proton.py プロジェクト: Becksteinlab/multibind

 def setup(self):
     self.c = mb.Multibind()
     self.c.read_graph("../examples/input/4-state-sodium-proton/graph.csv")
     self.c.read_states(
         "../examples/input/4-state-sodium-proton/states.csv")
     self.c.concentrations["Na+"] = 1

コード例 #3

ファイル: example_usage.py プロジェクト: Becksteinlab/multibind

def get_binding_energy(pH, Na):
    c = mb.Multibind(states_filename="states.csv", graph_filename="graph.csv")
    c.concentrations["Na+"] = Na
    c.build_cycle(pH=pH)
    c.MLE()
    return c.effective_energy_difference("bound","unbound","bound")

コード例 #4

ファイル: test_4_state.py プロジェクト: Becksteinlab/multibind

 def setup(self):
     self.c = mb.Multibind()
     self.c.read_graph("../examples/input/4-state-diamond/graph.csv",
                       comment="#")
     self.c.read_states("../examples/input/4-state-diamond/states.csv")

コード例 #5

import multibind as mb

c = mb.Multibind()
c.read_graph("examples/input/4-state-diamond/graph.csv", comment="#")
c.read_states("examples/input/4-state-diamond/states.csv")
c.build_cycle()
res = c.MLE()