コード例 #1
0
def test_create_dir_isfile(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    output.join('refseq', 'bacteria', 'FAKE0.1').write('foo', ensure=True)
    with pytest.raises(OSError):
        core.create_dir(entry,
                        'refseq',
                        'bacteria',
                        str(output),
                        flat_output=False)
コード例 #2
0
def test_create_dir(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    ret = core.create_dir(entry, 'refseq', 'bacteria', str(output))

    expected = output.join('refseq', 'bacteria', 'FAKE0.1')
    assert expected.check()
    assert ret == str(expected)
コード例 #3
0
def test_create_dir(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    ret = core.create_dir(entry, 'refseq', 'bacteria', str(output))

    expected = output.join('refseq', 'bacteria', 'FAKE0.1')
    assert expected.check()
    assert ret == str(expected)
コード例 #4
0
def test_create_dir_flat(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    ret = core.create_dir(entry,
                          'refseq',
                          'bacteria',
                          str(output),
                          flat_output=True)

    assert ret == str(output)
コード例 #5
0
def test_create_dir_exists(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    expected = output.mkdir('refseq').mkdir('bacteria').mkdir('FAKE0.1')
    ret = core.create_dir(entry,
                          'refseq',
                          'bacteria',
                          str(output),
                          flat_output=False)
    assert ret == str(expected)
コード例 #6
0
def test_create_dir_isfile(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    output.join('refseq', 'bacteria', 'FAKE0.1').write('foo', ensure=True)
    with pytest.raises(OSError):
        core.create_dir(entry, 'refseq', 'bacteria', str(output))
コード例 #7
0
def test_create_dir_exists(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    output.mkdir('refseq').mkdir('bacteria').mkdir('FAKE0.1')
    core.create_dir(entry, 'refseq', 'bacteria', str(output))
コード例 #8
0
def test_create_dir_exists(tmpdir):
    entry = {'assembly_accession': 'FAKE0.1'}
    output = tmpdir.mkdir('output')
    output.mkdir('refseq').mkdir('bacteria').mkdir('FAKE0.1')
    core.create_dir(entry, 'refseq', 'bacteria', str(output))