Python NoiseEnvironmentの例

コード例 #1

from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_pastoll as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--velSweep')
parser.add_flag('--velFitStdSweep')
parser.add_flag('--velLines')
parser.add_flag('--vel_slope_sweeps')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.velSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelFitErrSweepPlotter)

if args.velFitStdSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelFitStdSweepPlotter)

if args.velLines or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelLinesPlotter)

if args.vel_slope_sweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelSlopeSweepPlotter)

env.plot()

コード例 #2

ファイル: suppFigure_velocity.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

singleDataRoot = "simulation_data/submission/single_neuron"

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag("--velSweep")
parser.add_flag("--velFitStdSweep")
args = parser.parse_args()

# ps = ds.getDefaultParamSpaces()

env = NoiseEnvironment()

if args.velSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelFitErrSweepPlotter)

if args.velFitStdSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelFitStdSweepPlotter)

env.plot()

コード例 #3

        ax_theta = fig.add_axes(
            Bbox.from_extents(gsl, gst - .015, gsr, gst + .01))
        t = np.arange(tLimits[0], tLimits[1] + self.dt, self.dt)
        theta = self.const + .5 * (1. + np.cos(2 * np.pi * self.freq * 1e-3 *
                                               t - np.pi)) * (1 - self.const)
        ax_theta.fill_between(t,
                              theta,
                              edgecolor='None',
                              color=self.myc['theta_color'])
        ax_theta.set_xlim([tLimits[0], tLimits[1]])
        ax_theta.set_ylim(-.02, 1.02)
        ax_theta.axis('off')

        plt.savefig(self.get_fname('pastoll_et_al_rasters.pdf'),
                    dpi=300,
                    transparent=True)
        plt.close(fig)


parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--raster_examples')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.raster_examples or args.all:
    env.register_plotter(RasterExamples)

env.plot()

コード例 #4

ファイル: figure_grids.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

import matplotlib.ticker as ti
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--grids')
parser.add_flag('--examplesFlag')
parser.add_flag('--examples_colorbar')
parser.add_flag('--diff_sweep')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter,
                         config={
                             'GridSweepsPlotter': {
                                 'population_type': 'I',
                                 'plot_contours': [1, 1, 1],
                                 'vmin': -0.33,
                                 'vmax': 0.75,
                                 'cbar_kw': {
                                     'ticks': ti.MultipleLocator(0.2),
                                 },
                             }
                         })

コード例 #5

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--rasters')
parser.add_flag('--rastersZoom')
parser.add_flag('--rates')
parser.add_flag('--vel_slope_sweeps')
parser.add_flag('--vel_fiterr_prob')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.rasters or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelocityRasterPlotter)

if args.rates or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelocityRatePlotter)

if args.rastersZoom or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelocityRasterZoomPlotter)

if args.vel_slope_sweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VelSlopeSweepPlotter)

if args.vel_fiterr_prob or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridsVelFitErrProbabilityPlotter)

コード例 #6

ファイル: figure_seizures_e_const_450.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_e_const_450 as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--theta_signal')
parser.add_flag('--rastersFlag')
parser.add_flag('--rates')
parser.add_flag('--maxFRSweeps')
parser.add_flag('--seizureProportion')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.theta_signal or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ThetaSignalPlotter)

if args.rastersFlag or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRasterPlotter)

if args.rates or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRatePlotter)

if args.maxFRSweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxPopulationFRSweepsPlotter)

if args.seizureProportion or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.PSeizureSweepPlotter)

コード例 #7

ファイル: suppFigure_gamma.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatterPlot')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.scatterPlot or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ScatterGammaGridsSeparatePlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ScatterGammaFGridsSeparatePlotter)

env.plot()

コード例 #8

ファイル: figure_seizures.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--theta_signal')
parser.add_flag('--rastersFlag')
parser.add_flag('--rates')
parser.add_flag('--maxFRSweeps')
parser.add_flag('--maxFRGridsProbability')
parser.add_flag('--maxFRGridsScatter')
parser.add_flag('--PSeizureGridsProbability')
parser.add_flag('--PSeizureGridsScatter')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.theta_signal or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ThetaSignalPlotter)

if args.rastersFlag or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRasterPlotter)

if args.rates or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRatePlotter)

if args.maxFRSweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxPopulationFRSweepsPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxPopulationFRSweepsPlotter,
                         config={
                             'MaxPopulationFRSweepsPlotter': {

コード例 #9

ファイル: figure_isbump_examples.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--bumpExamples')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.bumpExamples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IsBumpExamplePlotter)


env.plot()

コード例 #10

ファイル: figure_gamma_ratio_corrected.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

import matplotlib
import matplotlib.ticker as ti
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_ratio_corrected as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--gamma_sweep')
parser.add_flag('--examples')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.gamma_sweep or args.all:
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.GenericGammaPlotter,
        config={
            'GenericGammaPlotter': {
                'scale_factor': .7,
                'what': 'acVal',
                'fname': "gamma_sweeps{ns}.pdf",
                'normalize_ticks': (True, True),  # (Y, X)
                'normalize_type': ('E', 'I'),
                'xlabel': '',
                'xticks': [False, False, False],
                'ylabel': None,
                'yticks': [True, False, False],

コード例 #11

ファイル: figure_grids.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag("--grids")
parser.add_flag("--examplesFlag")
parser.add_flag("--examples_colorbar")
parser.add_flag("--diff_sweep")
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter)

if args.examplesFlag or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridExamplesPlotter)

if args.examples_colorbar or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridExampleColorbarPlotter)

if args.diff_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridsDiffSweep)

env.plot()

コード例 #12

ファイル: suppFigure_grids_vs_bumps.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

singleDataRoot = 'simulation_data/single_neuron'

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatter_plot')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.scatter_plot or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridBumpScatterPlotter)

env.plot()

コード例 #13

ファイル: figure_seizures.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--rasters')
parser.add_flag('--rates')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.rasters or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRasterPlotter)

if args.rates or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRatePlotter)

env.plot()

コード例 #14

from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_pastoll as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--grids')
parser.add_flag('--examplesFlag')
parser.add_flag('--examples_colorbar')
parser.add_flag('--diff_sweep')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter)

if args.examplesFlag or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridExamplesPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridExamplesPlotter,
                         config={
                             'GridExamplesPlotter': {
                                 'population_type': 'I'
                             },
                         })

if args.examples_colorbar or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridExampleColorbarPlotter)

コード例 #15

ファイル: figure_grids_trials.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

import matplotlib.ticker as ti
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_trials as config

parser = flagparse.FlagParser()
#parser.add_flag('--grids')
parser.add_flag('--scatter')
parser.add_flag('--hist')
parser.add_flag('--examples')
parser.add_flag('--examples_cbar')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

#if args.grids or args.all:
#    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IPCGridSweepsPlotter)
#    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IPCGridSweepsPlotter,
#                         config={
#                             'IPCGridSweepsPlotter': {
#                                 'population_type': 'I',
#                             }
#                         })

if args.scatter or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IPCScatterPlotter)

if args.hist or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IPCHistogramsPlotter)

コード例 #16

ファイル: suppFigure_grids_vs_line_fit_err.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config


parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatter_plot')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.scatter_plot or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridsLineErrScatterPlotter)

env.plot()

コード例 #17

ファイル: figure_isBump.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--isBump')
parser.add_flag('--fracTotalHist')
parser.add_flag('--fracTotalSweepAnn')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.fracTotalSweepAnn or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.FracTotalSweepAnnPlotter)

if args.isBump or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IsBumpPlotter)

if args.fracTotalHist or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.FracTotalHistPlotter)

env.plot()

コード例 #18

ファイル: figure_1d_bumps.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

if args.bumps_g_II or args.all:
    new_config = deepcopy(config.get_config())
    new_config.update({
        'grids_data_root': None,
        'bump_data_root': os.path.join('simulation_data',
                                       'ii_connections',
                                       'g_II_total_sweep',
                                       'gamma_bump'),
        'vel_data_root':  None,
        'const_pos_data_root': None,
        'singleDataRoot': None,

        'noise_sigmas': [150],
        'even_shape': None,
    })
    env = NoiseEnvironment(user_config=new_config, space_cls=JobTrialSpace1D)
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.Generic1DPBumpPlotter,
        config={
            'Generic1DPBumpPlotter' : {
                'fname' : 'bumps_Pbumps_g_II_{ns}.pdf',
                'normalize_ticks': False,
                'xlim': (-10, 410),
                'ylim': (-0.05, 1.05),
            },
        }
    )
    env.plot()

コード例 #19

ファイル: figure_gamma_pastoll_et_al.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
'''I-surround gamma plots with the Pastoll et al. settings.'''
from __future__ import absolute_import, print_function

import copy

import matplotlib
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_pastoll as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--gamma_sweep')
parser.add_flag('--examples')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.gamma_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaSweepsPlotter)

if args.examples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaExamplePlotter)

env.plot()

コード例 #20

     None,
     'bump_data_root': ('simulation_data/i_surround/'
                        'gamma_bump_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const'),
     'vel_data_root':
     None,
     'const_pos_data_root':
     None,
     'singleDataRoot':
     None,
     'noise_sigmas': [0, 150, 300],
     'even_shape':
     None,
     'output_dir':
     'panels',
 })
 env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
 env.register_class(
     noisefigs.plotters.Generic2DPBumpPlotter,
     config={
         'Generic2DPBumpPlotter': {
             'fname': "bumps_pbumps_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const_{ns}.pdf",
             'normalize_ticks': (False, False),  # (Y, X)
             'normalize_type': (None, None),
             'xlabel': 'Constant amplitude\n(pA)',
             'ylabel': '$\\theta$ amplitude (pA)',
             'bbox': (.15, .2, .85, .9),
             'yticks': [1, 0, 0],
             'cbar': [0, 0, 1],
         },
     })
 env.plot()

コード例 #21

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--grids')
parser.add_flag('--spatial_info')
parser.add_flag('--sparsity')
parser.add_flag('--spatial_info_stats')
parser.add_flag('--examplesFlag')
parser.add_flag('--examples_colorbar')
parser.add_flag('--correlation_angles')
parser.add_flag('--detailed_noise')
parser.add_flag('--diff_sweep')
parser.add_flag('--grids_pbumps_prob')
parser.add_flag('--high_gscore_frac')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter,
                         config={
                             'GridSweepsPlotter': {
                                 'population_type': 'I',
                                 'plot_contours': [1, 1, 1],
                                 'vmin': -0.32,
                                 'vmax': 0.774,
                                 'cbar_kw': {
                                     'ticks': ti.MultipleLocator(0.2),
                                 },
                                 'ann': None,
                             }

コード例 #22

ファイル: figure_other_grids_sweeps.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

    new_config = deepcopy(config_pastoll.get_config())
    new_config.update({
        'bump_data_root': None,
        'grids_data_root': os.path.join('simulation_data',
                                        'i_surround',
                                        'pastoll_et_al',
                                        'grids_pc_weight_3'),
        'vel_data_root':  None,
        'const_pos_data_root': None,
        'singleDataRoot': None,

        'noise_sigmas': [150],
        'even_shape': None,
        'output_dir': 'panels',
    })
    env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
    env.register_class(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter,
                       config={

                           'GridSweepsPlotter': {
                               'fname_prefix': "pastoll_pc_weight_3_",
                               'vmin': -0.4286,
                               'vmax': 0.8582,
                               'ann': None,
                           },
                       })
    env.plot()


if args.grids_pastoll_pc_weight or args.all:
    new_config = deepcopy(config.get_config())

コード例 #23

ファイル: figure_bumps.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatter_grids_fracTotal')
parser.add_flag('--fracTotalSweepAnn')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.fracTotalSweepAnn or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter)

if args.scatter_grids_fracTotal or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainScatterGridsBumpsPlotter)

env.plot()

コード例 #24

ファイル: suppFigure_seizures.py プロジェクト: ikhaliq42/GridCellModel

import config

singleDataRoot = 'simulation_data/submission/single_neuron'

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--maxThetaFRSweeps')
parser.add_flag('--maxThetaFRSweeps_median')
parser.add_flag('--maxThetaFRSweeps_std')
parser.add_flag('--maxThetaFRHist')
parser.add_flag('--seizureProportion')
args = parser.parse_args()

#ps = ds.getDefaultParamSpaces()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.maxThetaFRSweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxMeanThetaFRSweepPlotter)

if args.seizureProportion or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.PSeizureSweepPlotter)

if args.maxThetaFRSweeps_std or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxStdThetaFRSweepPlotter)

if args.maxThetaFRSweeps_median or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxMedianThetaFRSweepPlotter)

if args.maxThetaFRHist or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxThetaFRHistPlotter)

コード例 #25

import copy

import matplotlib
import matplotlib.ticker as ti
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_ratio_corrected as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--gamma_sweep')
parser.add_flag('--examples')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.gamma_sweep or args.all:
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.GenericGammaPlotter,
        config={
            'GenericGammaPlotter': {
                'scale_factor':
                .7,
                'what':
                'acVal',
                'fname':
                "gamma_sweeps{ns}.pdf",
                'normalize_ticks': (True, True),  # (Y, X)
                'normalize_type': ('E', 'I'),
                'xlabel':

コード例 #26

ファイル: figure_gamma.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

args = parser.parse_args()

if args.gamma_gEE_EE_sigma or args.all:
    new_config = deepcopy(config.get_config())
    new_config.update({
        'grids_data_root': None,
        'bump_data_root': ('simulation_data/ee_connections_ei_flat/g_EE_total_vs_pEE_sigma/'
                           'gamma_bump'),
        'vel_data_root':  None,
        'const_pos_data_root': None,
        'singleDataRoot': None,

        'noise_sigmas': [150],
        'even_shape': None,
    })
    env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.GenericGammaPlotter,
        config={
            'GenericGammaPlotter': {
                'what': 'acVal',
                'fname': "gamma_power_gEE_pEE_sigma_{ns}.pdf",
                'normalize_ticks': (True, False),  # (Y, X)
                'normalize_type': ('E', None),
                'xlabel': '$\sigma_{E{\\rightarrow}E}$',
                'ylabel': '$g_{E{\\rightarrow}E}$',
                'bbox': (.2, .17, .85, .9),
                'vmin': .0,
                'vmax': .505,
                'cbar_kw': dict(
                    ticks = ti.MultipleLocator(0.1),

コード例 #27

ファイル: figure_grids.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--grids')
parser.add_flag('--spatial_info')
parser.add_flag('--sparsity')
parser.add_flag('--spatial_info_stats')
parser.add_flag('--examplesFlag')
parser.add_flag('--examples_colorbar')
parser.add_flag('--correlation_angles')
parser.add_flag('--detailed_noise')
parser.add_flag('--diff_sweep')
parser.add_flag('--grids_pbumps_prob')
parser.add_flag('--high_gscore_frac')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter,
                         config={
                             'GridSweepsPlotter': {
                                 'population_type': 'I',
                                 'plot_contours': [1, 1, 1],
                                 'vmin': -0.32,
                                 'vmax': 0.774,
                                 'cbar_kw': {
                                     'ticks': ti.MultipleLocator(0.2),
                                 },
                                 'ann': None,
                             }

コード例 #28

ファイル: figure_bumps.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

if args.pbumps_gEE_EE_sigma or args.all:
    new_config = deepcopy(config.get_config())
    new_config.update(
        {
            "grids_data_root": None,
            "bump_data_root": join(
                "simulation_data", "ee_connections_ei_flat", "g_EE_total_vs_pEE_sigma", "gamma_bump"
            ),
            "vel_data_root": None,
            "const_pos_data_root": None,
            "singleDataRoot": None,
            "noise_sigmas": [0, 150, 300],
            "even_shape": None,
        }
    )
    env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.Generic2DPBumpPlotter,
        config={
            "Generic2DPBumpPlotter": {
                "fname": "bumps_Pbumps_gEE_pEE_sigma_{ns}.pdf",
                "normalize_ticks": (True, False),  # (Y, X)
                "normalize_type": ("E", None),
                "xlabel": "$\sigma_{E{\\rightarrow}E}$",
                "ylabel": "$g_{E{\\rightarrow}E}$",
                "bbox": (0.2, 0.17, 0.85, 0.9),
                "cbar": [0, 0, 1],
                "ann": [None, [dict(txt="", rc=(20, 5), xytext_offset=(0.03, 1.5), color="black")], None],
                "vmin": 0,
                "vmax": 0.959,
                "cbar_kw": dict(ticks=ti.MultipleLocator(0.2)),

コード例 #29

ファイル: suppFigure_gamma.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
#parser.add_flag('--scatterPlot')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

#if args.scatterPlot or args.all:
#    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ScatterGammaGridsSeparatePlotter)
#    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ScatterGammaFGridsSeparatePlotter)

env.plot()

コード例 #30

ファイル: figure_gamma.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

import copy

import matplotlib
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--gammaSweep')
parser.add_flag('--examples')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.gammaSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaSweepsPlotter)

if args.examples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaExamplePlotter)


env.plot()

コード例 #31

ファイル: figure_seizures.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--rasters')
parser.add_flag('--rates')
parser.add_flag('--seizureProportion')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.rasters or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRasterPlotter)

if args.rates or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRatePlotter)

if args.seizureProportion or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.PSeizureSweepPlotter)

env.plot()

コード例 #32

     None,
     'bump_data_root': ('simulation_data/submission/i_surround/'
                        'gamma_bump_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const'),
     'vel_data_root':
     None,
     'const_pos_data_root':
     None,
     'singleDataRoot':
     None,
     'noise_sigmas': [0, 150, 300],
     'even_shape':
     None,
     'output_dir':
     'panels',
 })
 env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
 env.register_class(
     noisefigs.plotters.GenericGammaPlotter,
     config={
         'GenericGammaPlotter': {
             'what':
             'acVal',
             'fname':
             "gamma_power_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const_{ns}.pdf",
             'normalize_ticks': (False, False),  # (Y, X)
             'normalize_type': (None, None),
             'xlabel':
             '',
             'ylabel':
             '$\\theta$ amplitude (pA)',
             'xticks': [0, 0, 0],

コード例 #33

ファイル: figure_seizures.py プロジェクト: ikhaliq42/GridCellModel

from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--theta_signal')
parser.add_flag('--rastersFlag')
parser.add_flag('--rates')
parser.add_flag('--maxFRSweeps')
parser.add_flag('--maxFRGridsProbability')
parser.add_flag('--maxFRGridsScatter')
parser.add_flag('--PSeizureGridsProbability')
parser.add_flag('--PSeizureGridsScatter')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.theta_signal or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ThetaSignalPlotter)

if args.rastersFlag or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRasterPlotter)

if args.rates or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.EIRatePlotter)

if args.maxFRSweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxPopulationFRSweepsPlotter)

if args.maxFRGridsProbability or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxFRGridsProbabilityPlotter)

コード例 #34

ファイル: figure_other_bump_sweeps.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

if args.pbumps_Iext_e or args.all:
    new_config = deepcopy(config.get_config())
    new_config.update({
        'grids_data_root': None,
        'bump_data_root': ('simulation_data/i_surround/'
                           'gamma_bump_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const'),
        'vel_data_root':  None,
        'const_pos_data_root': None,
        'singleDataRoot': None,

        'noise_sigmas': [0, 150, 300],
        'even_shape': None,
        'output_dir': 'panels',
    })
    env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.Generic2DPBumpPlotter,
        config={
            'Generic2DPBumpPlotter': {
                'fname': "bumps_pbumps_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const_{ns}.pdf",
                'normalize_ticks': (False, False),  # (Y, X)
                'normalize_type': (None, None),
                'xlabel': 'Constant amplitude\n(pA)',
                'ylabel': '$\\theta$ amplitude (pA)',
                'bbox': (.15, .2, .85, .9),

                'yticks': [1, 0, 0],
                'cbar': [0, 0, 1],
            },
        })

コード例 #35

ファイル: figure_other_gamma_sweeps.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

if args.gamma_Iext_e or args.all:
    new_config = deepcopy(config.get_config())
    new_config.update({
        'grids_data_root': None,
        'bump_data_root': ('simulation_data/i_surround/'
                           'gamma_bump_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const'),
        'vel_data_root':  None,
        'const_pos_data_root': None,
        'singleDataRoot': None,

        'noise_sigmas': [0, 150, 300],
        'even_shape': None,
        'output_dir': 'panels',
    })
    env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
    env.register_class(
        noisefigs.plotters.GenericGammaPlotter,
        config={
            'GenericGammaPlotter': {
                'what': 'acVal',
                'fname': "gamma_power_Iext_e_theta_vs_Iext_e_const_{ns}.pdf",
                'normalize_ticks': (False, False),  # (Y, X)
                'normalize_type': (None, None),
                'xlabel': '',
                'ylabel': '$\\theta$ amplitude (pA)',
                'xticks': [0, 0, 0],
                'bbox': (.15, .2, .85, .9),

                'cbar_kw': dict(
                    label      = '$1^{st}$ autocorrelation\npeak',

コード例 #36

ファイル: figure_grids.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

singleDataRoot = 'simulation_data/submission/single_neuron'

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--grids')
parser.add_flag('--examplesFlag')
parser.add_flag('--Vm_examples')
parser.add_flag('--conn_func')
parser.add_flag('--example_hists')
parser.add_flag('--theta_signal')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridSweepsPlotter)

if args.examplesFlag or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridExamplesPlotter)

if args.Vm_examples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.VmExamplesPlotter)

if args.conn_func or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ConnectionFunctionPlotter)

if args.example_hists or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.WeightExamplesHists)

コード例 #37

ファイル: figure_grids.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
'''Grid field figures - probabilistic connections.'''
from __future__ import absolute_import, print_function

import matplotlib.ticker as ti
from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--grids')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.grids or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IPCGridSweepsPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IPCGridSweepsPlotter,
                         config={
                             'IPCGridSweepsPlotter': {
                                 'population_type': 'I',
                             }
                         })

env.plot()

コード例 #38

     'grids_data_root':
     None,
     'bump_data_root':
     join('simulation_data', 'ee_connections_ei_flat',
          'g_EE_total_vs_pEE_sigma', 'gamma_bump'),
     'vel_data_root':
     None,
     'const_pos_data_root':
     None,
     'singleDataRoot':
     None,
     'noise_sigmas': [0, 150, 300],
     'even_shape':
     None,
 })
 env = NoiseEnvironment(user_config=new_config)
 env.register_class(
     noisefigs.plotters.Generic2DPBumpPlotter,
     config={
         'Generic2DPBumpPlotter': {
             'fname':
             "bumps_Pbumps_gEE_pEE_sigma_{ns}.pdf",
             'normalize_ticks': (True, False),  # (Y, X)
             'normalize_type': ('E', None),
             'xlabel':
             '$\sigma_{E{\\rightarrow}E}$',
             'ylabel':
             '$g_{E{\\rightarrow}E}$',
             'bbox': (.2, .17, .85, .9),
             'cbar': [0, 0, 1],
             'ann': [

コード例 #39

ファイル: figure_bumps_ratio_corrected.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_ratio_corrected as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--pbumps_sweep')
parser.add_flag('--pbumps_threshold_sweep')
parser.add_flag('--bump_examples')
parser.add_flag('--bump_examples_isbump')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.pbumps_sweep or args.all:
    env.register_plotter(
        noisefigs.plotters.Generic2DPBumpPlotter,
        config={
            'Generic2DPBumpPlotter': {
                'scale_factor':
                0.8,
                'cbar': [0, 0, 1],
                'fname':
                "bumps_mainFig_isBumpFracTotal_sweeps_annotated{ns}.pdf",
                'normalize_ticks': (True, True),  # (Y, X)
                'normalize_type': ('E', 'I'),
                'xlabel':
                None,

コード例 #40

ファイル: figure_bumps.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--bumpExamples')
parser.add_flag('--scatter_grids_fracTotal')
parser.add_flag('--fracTotalSweepAnn')
parser.add_flag('--isBump')
parser.add_argument('--expScatter', action="store_true")
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.fracTotalSweepAnn or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter)
    env.register_plotter(
        noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter,
        config={
            'MainBumpFormationPlotter': {
                'fname_prefix': 'paper_',
                'sigmaTitle': False,
                'cbar_kw': dict(
                    labelpad    = 8,
                    location    = 'right',
                    fraction    = .25,
                    pad         = -.05,
                ),

コード例 #41

ファイル: figure_bumps_original.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_original as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--pbumps_sweep')
parser.add_flag('--pbumps_threshold_sweep')
parser.add_flag('--bump_examples')
parser.add_flag('--bump_examples_isbump')
parser.add_flag('--bump_examples_colorbar')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.pbumps_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter)

if args.pbumps_threshold_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainIsBumpPlotter)

if args.bump_examples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpExamplePlotter)

if args.bump_examples_isbump or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IsBumpExamplePlotter)

if args.bump_examples_colorbar or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpExampleColorbarPlotter)

コード例 #42

ファイル: suppFigure_gamma.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatterPlot')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.scatterPlot or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ScatterGammaGridsSeparatePlotter)

env.plot()

コード例 #43

ファイル: figure_gamma.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--gammaSweep')
parser.add_flag('--threshold')
parser.add_flag('--freqHist')
parser.add_flag('--detailed_noise')
parser.add_flag('--examples')
parser.add_flag('--scatter_all')
parser.add_flag('--gamma_grids_prob')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.gammaSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaSweepsPlotter)

if args.detailed_noise or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaDetailedNoisePlotter)

if args.examples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaExamplePlotter)

if args.scatter_all or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaScatterAllPlotter)
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GammaFreqGridsScatterAllPlotter)

if args.gamma_grids_prob or args.all:

コード例 #44

ファイル: figure_bumps_standard_gEE_3060.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

from noisefigs.env import NoiseEnvironment, MplEnvironment
from noisefigs.plotters.base import SeparateMultipageSaver
from grid_cell_model.parameters import JobTrialSpace2D

import config_standard_gEE_3060 as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--pbumps_sweep')
parser.add_flag('--rasters')
parser.add_flag('--bump_examples')
parser.add_flag('--bump_examples_colorbar')
parser.add_flag('--bump_running_examples')
parser.add_argument('--expScatter', action="store_true")
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.pbumps_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter,
                         config={
                             'MainBumpFormationPlotter': {
                                 'ann': [
                                     None,
                                     [
                                         dict(txt='',
                                              rc=(15, 15),
                                              xytext_offset=(1.5, 1.5),
                                              color='black')
                                     ],
                                     None,
                                 ],

コード例 #45

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatter_plot')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.scatter_plot or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.GridsLineErrScatterPlotter)

env.plot()

コード例 #46

ファイル: figure_intro.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--pac_example')
parser.add_flag('--burak_conn_weights')
args = parser.parse_args()


env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.pac_example or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.PACExamplePlotter)

if args.burak_conn_weights or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.Burak2009ConnectionPlotter)

env.plot()

コード例 #47

ファイル: figure_drifts_e_const_450.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
'''I-surround bump drift plots with the original E-surround settings but with
an increased constant drive to E cells.'''
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_e_const_450 as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--drift_sweep')
parser.add_flag('--theta_signal')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.drift_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpDriftAtTimePlotter)

if args.theta_signal or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.ThetaSignalPlotter)

env.plot()

コード例 #48

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config_e_const_375 as config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--pbumps_sweep')
parser.add_flag('--pbumps_threshold_sweep')
parser.add_flag('--bump_examples')
parser.add_flag('--bump_examples_isbump')
parser.add_flag('--bump_examples_colorbar')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.pbumps_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter)

if args.pbumps_threshold_sweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainIsBumpPlotter)

if args.bump_examples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpExamplePlotter)

if args.bump_examples_isbump or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.IsBumpExamplePlotter)

if args.bump_examples_colorbar or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpExampleColorbarPlotter)

コード例 #49

ファイル: suppFigure_line_fit_error_vs_slope.py プロジェクト: lsolanka/ei-attractor

#!/usr/bin/env python
from __future__ import absolute_import, print_function

from grid_cell_model.submitting import flagparse
import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--scatter_plot')
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment()

if args.scatter_plot or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.LineErrSlopeScatterPlotter)

env.plot()

コード例 #50

from noisefigs.env import NoiseEnvironment

import config

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--bumpSweep')
parser.add_flag('--bumpExamples')
parser.add_flag('--bump_examples_colorbar')
parser.add_flag('--detailed_noise')
parser.add_flag('--scatter_grids_fracTotal')
parser.add_flag('--fracTotalSweepAnn')
parser.add_flag('--isBump')
parser.add_argument('--expScatter', action="store_true")
args = parser.parse_args()

env = NoiseEnvironment(user_config=config.get_config())

if args.fracTotalSweepAnn or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainBumpFormationPlotter)

if args.scatter_grids_fracTotal or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainScatterGridsBumpsPlotter)

if args.isBump or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MainIsBumpPlotter)

if args.bumpSweep or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpSigmaSweepPlotter)

if args.bumpExamples or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.BumpExamplePlotter)

コード例 #51

ファイル: suppFigure_seizures.py プロジェクト: MattNolanLab/ei-attractor

import noisefigs
from noisefigs.env import NoiseEnvironment

singleDataRoot = 'simulation_data/submission/single_neuron'

parser = flagparse.FlagParser()
parser.add_flag('--maxThetaFRSweeps')
parser.add_flag('--maxThetaFRSweeps_median')
parser.add_flag('--maxThetaFRSweeps_std')
parser.add_flag('--maxThetaFRHist')
parser.add_flag('--seizureProportion')
args = parser.parse_args()

#ps = ds.getDefaultParamSpaces()

env = NoiseEnvironment()

if args.maxThetaFRSweeps or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxMeanThetaFRSweepPlotter)

if args.maxThetaFRSweeps_std or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxStdThetaFRSweepPlotter)

if args.maxThetaFRSweeps_median or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxMedianThetaFRSweepPlotter)

if args.maxThetaFRHist or args.all:
    env.register_plotter(noisefigs.plotters.MaxThetaFRHistPlotter)

env.plot()