コード例 #1
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ファイル: nh2.py プロジェクト: horta/limix-tool
def E_tl_e_trunc_lower(tg, vare, o):
    e_mu = 0.
    ve = np.sqrt(vare)
    b = o - tg
    beta = (b - e_mu) / ve
    return (e_mu - ve * np.exp(logpdf(beta) - logcdf(beta))) * cdf(
        (o - tg - e_mu) / ve)
コード例 #2
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ファイル: nh2.py プロジェクト: horta/limix-tool
def E_tl_e_trunc_upper(tg, vare, o):
    e_mu = 0.
    ve = np.sqrt(vare)
    alpha = (o - tg - e_mu) / ve
    lambda_ = np.exp(logpdf(alpha) - logsf(alpha))
    return (e_mu + ve * lambda_) * np.exp(logsf((o - tg - e_mu) / ve))
コード例 #3
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ファイル: heritability.py プロジェクト: horta/limix-tool
def _mean_truncnorm_ltail(b, mean=0., sd=1.):
    beta = (b - mean) / sd
    lphi_b = logpdf(beta)
    lPhi_b = logcdf(beta)
    return mean - sd * np.exp(lphi_b - lPhi_b)
コード例 #4
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ファイル: heritability.py プロジェクト: horta/limix-tool
def _var_truncnorm_rtail(a, mean=0., sd=1.):
    alpha = (a - mean) / sd
    lphi_a = logpdf(alpha)
    lambda_ = np.exp(lphi_a - logsf(alpha))
    return sd * sd * (1.0 - lambda_ * (lambda_ - alpha))
コード例 #5
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ファイル: heritability.py プロジェクト: horta/limix-tool
def _mean_truncnorm_rtail(a, mean=0., sd=1.):
    alpha = (a - mean) / sd
    return mean + sd * np.exp(logpdf(alpha) - logsf(alpha))