Python toGeoの例

コード例 #1

ファイル: e_2_geo.py プロジェクト: tarbaig/simpy

def convertors(b):
    #toGeo(b, b.name+'.geo')
    toGeo(b, 'geo')
    toXyz(b, b.name+'.xyz')
    toGjf(b, b.name+'.gjf')
    toPdb(b, b.name+'.pdb')
    toReaxLammps(b)

コード例 #2

def withPbc(testfile="supper.pdb", args=''):
    a = Pdb(testfile)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    b.assignEleTypes()
    b.assignIdNumbers()
    b.toFrac()
    #b.translate(12.0, "z")
    toXyz(b, "out.xyz")
    toMusic(b, "out.music")
    if len(b.pbc) == 0:
        b.geotag = "BIOGRF 200"
    else:
        b.geotag = "XTLGRF 200"
    toReaxLammps(b, "lammps.data")
    toGeo(b, "sim.geo")
    toMsd(b, "sim.msd")
    toPoscar(b, )
    toCfg(b, )
    toJdft(b, )
    toTowheecoords(b)
    if args:
        if args.element:
            toPdb(b, "out.pdb", 1)
    else:
        toPdb(b, "out.pdb")

コード例 #3

def fortranOut(testfile="output.pdb", args=''):
    a = Pdb(testfile)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    b.assignEleTypes()
    b.pbc = [50.00, 50.00, 50.00, 90.0, 90.0, 90.0]
    b.geotag = "XTLGRF 200"
    toReaxLammps(b, "lammps.data")
    if args:
        if args.element:
            toPdb(b, "out.pdb", 1)
    else:
        toPdb(b, "out.pdb")
    toMsd(b, "sim.msd")
    toGeo(b, "sim.geo")

コード例 #4

ファイル: e_2_pdb.py プロジェクト: karthipitt/simpy

def fortranOut(testfile = "output.pdb", args=''):
    a = Pdb(testfile)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    b.assignEleTypes()
    b.pbc = [50.00, 50.00, 50.00, 90.0, 90.0, 90.0]
    b.geotag = "XTLGRF 200"
    toReaxLammps(b, "lammps.data")
    if args:
        if args.element:
            toPdb(b, "out.pdb", 1)
    else:
        toPdb(b, "out.pdb")
    toMsd(b, "sim.msd")
    toGeo(b, "sim.geo")

コード例 #5

ファイル: e_2_contcar.py プロジェクト: erinshawusc/simpy

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument("fname", default="POSCAR", nargs="?", help="geo file name")
    args = parser.parse_args()
    
    poscar_file = args.fname
    a = Poscar(poscar_file)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    b.assignEleTypes()
    print b.getVol()
    #print b.pbc
    
    toXyz(b)
    toGeo(b, "geo")
    toPdb(b, "sim.pdb")
    toReaxLammps(b, "lammps.data")
    toJdft(b, "coords")

コード例 #6

ファイル: e_2_pdb.py プロジェクト: karthipitt/simpy

def withPbc(testfile="supper.pdb", args=''):
    a = Pdb(testfile)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    b.assignEleTypes()
    #b.translate(12.0, "z")
    toXyz(b, "out.xyz")
    toMusic(b, "out.music")
    if len(b.pbc) == 0:
        b.geotag = "BIOGRF 200"
    else:
        b.geotag = "XTLGRF 200"
    toReaxLammps(b, "lammps.data")
    toGeo(b, "sim.geo")
    toMsd(b, "sim.msd")
    if args:
        if args.element:
            toPdb(b, "out.pdb", 1)
    else:
        toPdb(b, "out.pdb")

コード例 #7

ファイル: e_2_contcar.py プロジェクト: atomsos/simpy

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument("fname", default="POSCAR", nargs="?", help="geo file name")
    args = parser.parse_args()
    
    poscar_file = args.fname
    a = Poscar(poscar_file)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    b.assignEleTypes()
    vol = b.getVol()
    mass = b.getMass()
    density = mass/vol*ATOMIC_MASS_CONSTANT*1e27
    print density
    #print b.pbc
    
    toXyz(b, "contcar.xyz")
    toGeo(b, "geo")
    toPdb(b, "sim.pdb")
    toReaxLammps(b, "lammps.data")
    toJdft(b, "coords")

コード例 #8

""" parse the geo file with multi configuration into
seperated files
"""
import os
from utilities import parseBlock
from mytype import System, Molecule, Atom
from geo import Geo
from output_conf import toGeo
from output_conf import toXyz

os.chdir("/home/tao/Documents/debug/geofile")
parseBlock("geo", 1)
for i in range(204):
    fname = "out%03d" % i
    a = Geo(fname)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    toGeo(b, b.name + '.geo')
    toXyz(b, b.name + '.xyz')

コード例 #9

ファイル: e_2_multi_geo.py プロジェクト: carlos-salgado/simpy

""" parse the geo file with multi configuration into
seperated files
"""
import os
from utilities import parseBlock
from mytype import System, Molecule, Atom
from geo import Geo
from output_conf import toGeo
from output_conf import toXyz

os.chdir("/home/tao/Documents/debug/geofile")
parseBlock("geo", 1)
for i in range(204):
    fname = "out%03d"%i 
    a = Geo(fname)
    b = a.parser()
    b.assignAtomTypes()
    toGeo(b, b.name+'.geo')
    toXyz(b, b.name+'.xyz')

コード例 #10

ファイル: e_2_contcar.py プロジェクト: carlos-salgado/simpy

from mytype import System, Molecule, Atom
from poscar import Poscar
from output_conf import toXyz, toGeo, toPdb, toReaxLammps

import sys

if len(sys.argv) > 1:
    fname = sys.argv[1]
else:
    fname = "CONTCAR"
a = Poscar(fname)
b = a.parser()
b.assignAtomTypes()
b.assignEleTypes()
print b.getVol()

toXyz(b)
toGeo(b, "geo")
toPdb(b, "sim.pdb")
toReaxLammps(b, "lammps.data")

コード例 #11

""" read the geo file and output to data (LAMMPS), geo and xyz file.
"""
from mytype import System, Molecule, Atom
from geo import Geo
from output_conf import toData
from output_conf import toGeo
from output_conf import toXyz

testfile = "../../debug/geo"
a = Geo(testfile)
b = a.parser()
b.assignAtomTypes()
toData(b)
toGeo(b)
toXyz(b)

コード例 #12

""" read the geo file and output to data (LAMMPS), geo and xyz file.
"""
import sys, os
from mytype import System, Molecule, Atom
from g03 import G03Gjf
from output_conf import toXyz, toGeo, toGjf

usage = """gau2xyz g03logfiles"""
if len(sys.argv) < 2:
    print usage
else:
    for i in sys.argv[1:]:
        outfile = i.split(".")[0]
        if os.path.exists(i):
            a = G03Gjf(i)
            b = a.parser()
            b.geotag = "BIOGRF 200"
            toXyz(b, outfile + ".xyz")
            toGeo(b, outfile + ".geo")
            toGjf(b, outfile + ".gjf.bak")
        else:
            print "missing file %s" % i

コード例 #13

ファイル: e_2_g03inp.py プロジェクト: carlos-salgado/simpy

""" read the geo file and output to data (LAMMPS), geo and xyz file.
"""
import sys, os
from mytype import System, Molecule, Atom
from g03 import G03Gjf
from output_conf import toXyz, toGeo, toGjf

usage = """gau2xyz g03logfiles"""
if len(sys.argv) < 2:
    print usage
else:
    for i in sys.argv[1:]:
        outfile = i.split(".")[0]
        if os.path.exists(i):
            a = G03Gjf(i)
            b = a.parser()
            b.geotag = "BIOGRF 200"
            toXyz(b, outfile+".xyz")
            toGeo(b, outfile+".geo")
            toGjf(b, outfile+".gjf.bak")
        else:
            print "missing file %s"%i