def replace(path, site, rep):
"""
* 元素ラベルを交換する\n
* e.g.: cvm_input.py ファイル名 --site "0011" --rep "AC BD"\n
* --site は左から順に第一、第二、第三...サイトに対応\n
0 で交換判定しない、 1 で交換判定するサイトを指定\n
* "0011" では 4 副格子中の 3 番目と 4 番目の site 原子ラベルを交換する設定\n
* --rep で交換するラベルの組み合わせを指定する\n
* "AC BD" は A を C に B を D に置き換える
* ラベルを変えない場合は "AA" のように同じラベルを振る
"""
d = len(site)
site_ids = [j + k*d for k in range(100)
for j in [int(i) for i in range(len(site)) if site[i] == "1"]]
print(site_ids)
replace_dict = {x[0]:x[1] for x in rep.split()}
strs = CVMStrs.from_str_file(path)
strs.replace_site_elements(site_ids, replace_dict)
fname = path + "_rev"
for s in "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ":
if s in rep:
largest = s
strs.complete_elements("ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ".index(largest)+1)
strs.make_file(fname)
try:
enes = CVMEnergies.from_energies_file("energies.txt")
enes.rename_from_str_labels(strs)
enes.make_file("energies.txt_rev")
except IOError:
pass
def rename_energies_from_cwm():
"""
energies.txt を cwm.txt ファイルから修正する
"""
path = "cwm.txt"
cwms = CVMCwms.from_cwm_file(path)
enes = CVMEnergies.from_energies_file("energies.txt")
enes.rename_from_cwm_labels(cwms)
enes.make_file("energies.txt_rev")
def rename_energies(path):
"""
energies.txt を str ファイルから修正する
"""
path = "hcp.str"
strs = CVMStrs.from_str_file(path)
enes = CVMEnergies.from_energies_file("energies.txt")
enes.rename_from_str_labels(strs)
enes.make_file("energies.txt_rev")
def exchange_elements(path, elem1, elem2):
"""
原子ラベルを交換したファイルを作成
"""
strs = CVMStrs.from_str_file(path)
enes = CVMEnergies.from_energies_file("energies.txt")
strs.exchange_elements(elem1, elem2)
enes.exchange_elements(elem1, elem2)
fname = path + "_rev"
strs.make_file(fname)
enes.make_file("energies.txt_rev")
def remove_site(args):
"""
指定したラベルの原子を削除する
削除する原子数は ratio (原子数/トータルのサイト数) として指定する
使用例
'remove_site "B 6/10"'
エネルギーを単位サイトあたりに補正する
"""
elems = args.split()[0]
ratio = Fraction(args.split()[1])
enes = CVMEnergies.from_energies_file('energies.txt')
enes.remove_element(elems, ratio)
enes.make_file('energies.txt_rev')