コード例 #1
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ファイル: cli.py プロジェクト: mpkocher/pbcommand 
def add_run_analysis_job_opts(p):
    p.add_argument('json_path',
                   type=_validate_analysis_job_json,
                   help="Path to analysis.json file")
    add_sal_options(p)
    add_common_options(p)
    add_block_option(p)
    return
コード例 #2
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ファイル: cli.py プロジェクト: lpp1985/lpp_Script 
def add_import_fasta_opts(p):
    px = p.add_argument
    px('fasta_path', type=validate_max_fasta_file_size, help="Path to Fasta File")
    px('--name', required=True, type=str, help="Name of ReferenceSet")
    px('--organism', required=True, type=str, help="Organism")
    px('--ploidy', required=True, type=str, help="Ploidy")
    add_block_option(p)
    add_sal_options(p)
    add_common_options(p)
    return p
コード例 #3
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def add_import_fasta_opts(p):
    px = p.add_argument
    px('fasta_path', type=validate_file, help="Path to Fasta File")
    px('--name', required=True, type=str, help="Name of ReferenceSet")
    px('--organism', required=True, type=str, help="Organism")
    px('--ploidy', required=True, type=str, help="Ploidy")
    add_block_option(p)
    add_sal_options(p)
    add_common_options(p)
    return p
コード例 #4
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 def _wrapper(p):
     add_common_options(p, default_level=default_log_level)
     p.add_argument('rtc_path', type=str, help="Path to resolved tool contract")
     return p
コード例 #5
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ファイル: cli.py プロジェクト: lpp1985/lpp_Script 
def add_run_analysis_job_opts(p):
    p.add_argument('json_path', type=_validate_analysis_job_json, help="Path to analysis.json file")
    add_sal_options(p)
    add_common_options(p)
    add_block_option(p)
    return
コード例 #6
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ファイル: quick.py プロジェクト: PacificBiosciences/pbcommand 
 def _wrapper(p):
     add_common_options(p, default_level=default_log_level)
     p.add_argument('rtc_path', type=str, help="Path to resolved tool contract")
     return p