コード例 #1
0
ファイル: dev.py プロジェクト: yqin22/pbsmrtpipe
def _add_run_random_fofn_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    p.add_argument('--nfofns',
                   type=int,
                   default=10,
                   help="Number of mock/random Fofns to write.")
    U.add_fofn_output(p)
    return p
コード例 #2
0
ファイル: report_to_html.py プロジェクト: knyquist/pbsmrtpipe
def get_parser():
    desc = "Transform pbreport Report to HTML file."
    p = get_default_argparser(__version__, desc)
    add_log_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    _add_report_option(p)
    _add_output_file_option(p)
    _add_ccs_js_extras_option(p)
    p.set_defaults(func=_args_to_render_report)
    return p
コード例 #3
0
ファイル: report_to_html.py プロジェクト: knyquist/pbsmrtpipe
def get_parser():
    desc = "Transform pbreport Report to HTML file."
    p = get_default_argparser(__version__, desc)
    add_log_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    _add_report_option(p)
    _add_output_file_option(p)
    _add_ccs_js_extras_option(p)
    p.set_defaults(func=_args_to_render_report)
    return p
コード例 #4
0
ファイル: runner.py プロジェクト: skinner/pbsmrtpipe
def _add_run_options(p):
    _add_base_options(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    _add_stdout_file(p)
    _add_stderr_file(p)
    return p
コード例 #5
0
ファイル: cli.py プロジェクト: nlhepler/pbsmrtpipe
def add_args_run_diagnstic(p):
    _add_required_preset_xml_option(p)
    TU.add_debug_option(p)
    TU.add_output_dir_option(p)
    _add_simple_mode_option(p)
    return p
コード例 #6
0
ファイル: dev.py プロジェクト: pombredanne/pbsmrtpipe
def _add_run_random_fofn_options(p):
    U.add_debug_option(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    p.add_argument('--nfofns', type=int, default=10, help="Number of mock/random Fofns to write.")
    U.add_fofn_output(p)
    return p
コード例 #7
0
def _add_run_options(p):
    _add_base_options(p)
    U.add_output_dir_option(p)
    _add_stdout_file(p)
    _add_stderr_file(p)
    return p
コード例 #8
0
def add_args_run_diagnstic(p):
    _add_required_preset_xml_option(p)
    TU.add_debug_option(p)
    TU.add_output_dir_option(p)
    _add_simple_mode_option(p)
    return p