Python OTPCluster.get_mindistの例

コード例 #1

ファイル: profile_otp.py プロジェクト: Mahdisadjadi/pele

def do_mindist(nmol=20):
    system = OTPCluster(nmol)
    db = system.create_database("test.sqlte")
    mindist = system.get_mindist()
    m0 = db.minima()[0]
    for m1 in db.minima()[1:6]:
        d, x1, x2 = mindist(m0.coords, m1.coords)
        print d

コード例 #2

def do_mindist(nmol=20):
    system = OTPCluster(nmol)
    db = system.create_database("test.sqlte")
    mindist = system.get_mindist()
    m0 = db.minima()[0]
    for m1 in db.minima()[1:6]:
        d, x1, x2 = mindist(m0.coords, m1.coords)
        print d

コード例 #3

ファイル: profile_otp.py プロジェクト: Mahdisadjadi/pele

def do_NEB(nmol=20):
    system = OTPCluster(nmol)
    db = system.create_database("test.sqlte")
    mindist = system.get_mindist()
    pot = system.get_potential()
    m1 = db.minima()[0]
    for m2 in db.minima()[1:3]:
        neb = NEBDriver(pot, m1.coords, m2.coords)
        neb.run()

コード例 #4

def do_NEB(nmol=20):
    system = OTPCluster(nmol)
    db = system.create_database("test.sqlte")
    mindist = system.get_mindist()
    pot = system.get_potential()
    m1 = db.minima()[0]
    for m2 in db.minima()[1:3]:
        neb = NEBDriver(pot, m1.coords, m2.coords)
        neb.run()