コード例 #1
0
ファイル: _pickle_files.py プロジェクト: horta/limix-exp
def pickle_merge(folder):
    """Merges pickle files and save it to `all.pkl`."""
    file_list = _get_file_list(folder)

    if len(file_list) == 0:
        print('There is nothing to merge because no file' +
              ' has been found in %s.' % folder)
        return

    ha = folder_hash(folder, ['all.pkl', '.folder_hash'])

    subfolders = [d for d in listdir(folder) if isdir(join(folder, d))]

    with temp_folder() as tf:
        for sf in tqdm(subfolders, desc='Copying files'):
            make_sure_path_exists(join(tf, sf))
            cp(join(folder, sf), join(tf, sf))

        file_list = _get_file_list(tf)
        out = _merge(file_list)

    with BeginEnd('Storing pickles'):
        pickle(out, join(folder, 'all.pkl'))

    _save_cache(folder, ha)

    return out
コード例 #2
0
ファイル: job.py プロジェクト: horta/limix-exp
def store_job(job, fpath):
    pickle(job, fpath)
コード例 #3
0
ファイル: job.py プロジェクト: horta/limix-exp
def store_jobs(jobs, fpath):
    print('Storing jobs...')
    pickle({t.jobid: t for t in jobs}, fpath)
    print('   %d jobs stored   ' % len(jobs))
コード例 #4
0
ファイル: task.py プロジェクト: horta/limix-exp
def store_task_results(task_results, fpath):
    print('Storing task results')
    pickle({tr.task_id: tr for tr in task_results}, fpath)
    print('   %d task results stored   ' % len(task_results))
コード例 #5
0
ファイル: task.py プロジェクト: horta/limix-exp
def store_task_args(task_args, fpath):
    if os.path.exists(fpath):
        return
    pickle(task_args, fpath)
コード例 #6
0
ファイル: task.py プロジェクト: horta/limix-exp
def store_tasks(tasks, fpath):
    if os.path.exists(fpath):
        return
    pickle({t.task_id: t for t in tasks}, fpath)
コード例 #7
0
 def store(self):
     fp = join(config.stdoe_folder(), self.runid, 'cluster_run.pkl')
     pickle(self, fp)
コード例 #8
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 def _test_it(folder):
     fp = join(folder, "a.pkl")
     pickle(A(10), fp)
     a = unpickle(fp)
     assert a.value == 10