コード例 #1
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ファイル: run.py プロジェクト: lecorguille/planemo
def run_galaxy(ctx, path, job_path, **kwds):
    kwds["cwl"] = True
    conformance_test = kwds.get("conformance_test", False)
    with conditionally_captured_io(conformance_test):
        with serve_daemon(ctx, [path], **kwds) as config:
            try:
                cwl_run = run_cwl_tool(path, job_path, config, **kwds)
            except Exception:
                io.warn("Problem running cwl tool...")
                print(config.log_contents)
                raise

    print(cwl_run.cwl_command_state)
    return 0
コード例 #2
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ファイル: galaxy.py プロジェクト: simonbray/planemo
 def ensure_runnables_served(self, runnables):
     # TODO: define an interface for this - not everything in config would make sense for a
     # pre-existing Galaxy interface.
     with serve_daemon(self._ctx, runnables, **self._serve_kwds()) as config:
         yield config
コード例 #3
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ファイル: galaxy.py プロジェクト: nturaga/planemo
 def _serve(self, runnables):
     with serve_daemon(self._ctx, runnables,
                       **self._serve_kwds()) as config:
         yield config
コード例 #4
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ファイル: galaxy.py プロジェクト: gregvonkuster/planemo
 def _serve(self, runnables):
     with serve_daemon(self._ctx, runnables, **self._serve_kwds()) as config:
         yield config
コード例 #5
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ファイル: galaxy.py プロジェクト: galaxyproject/planemo
 def ensure_runnables_served(self, runnables):
     # TODO: define an interface for this - not everything in config would make sense for a
     # pre-existing Galaxy interface.
     with serve_daemon(self._ctx, runnables, **self._serve_kwds()) as config:
         yield config