Python parseDCDの例

コード例 #1

ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: barettog1/ProDy

    def testAlignConcat(self):

        command = self.command + ' --align ca --pdb {1:s} {0:s} {0:s}'.format(
                                self.dcdpath, self.pdbpath)

        namespace = prody_parser.parse_args(shlex.split(command))
        namespace.func(namespace)

        select = self.ag.ca

        coords = self.dcd[:]
        concat = parseDCD(self.output)

        assert_equal(concat.numAtoms(), coords.numAtoms())

        coords.setCoords(self.ag.getCoords())
        coords.setAtoms(select)
        coords.superpose()
        coords.setAtoms(None)
        coords = coords._getCoordsets()

        concat = concat._getCoordsets()

        assert_equal(coords, concat[:3])
        assert_equal(coords, concat[3:])

コード例 #2

ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: npabon/ProDy

    def testAlignConcat(self):

        command = self.command + ' --align ca --pdb {1:s} {0:s} {0:s}'.format(
            self.dcdpath, self.pdbpath)

        namespace = prody_parser.parse_args(shlex.split(command))
        namespace.func(namespace)

        select = self.ag.ca

        coords = self.dcd[:]
        concat = parseDCD(self.output)

        assert_equal(concat.numAtoms(), coords.numAtoms())

        coords.setCoords(self.ag.getCoords())
        coords.setAtoms(select)
        coords.superpose()
        coords.setAtoms(None)
        coords = coords._getCoordsets()

        concat = concat._getCoordsets()

        assert_equal(coords, concat[:3])
        assert_equal(coords, concat[3:])

コード例 #3

ファイル: test_dcdfile.py プロジェクト: anindita85/ProDy

 def testWrite(self):
     dcd = DCDFile(self.dcd, 'w')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     assert_allclose(e._getCoordsets(), ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')

コード例 #4

 def testWrite(self):
     dcd = DCDFile(self.dcd, 'w')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     assert_allclose(e._getCoordsets(), ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')

コード例 #5

ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: npabon/ProDy

    def testSimpleConcat(self):

        command = self.command + ' {0:s} {0:s} {0:s}'.format(self.dcdpath)

        namespace = prody_parser.parse_args(shlex.split(command))
        namespace.func(namespace)

        coords = self.dcd[:]._getCoordsets()
        concat = parseDCD(self.output)._getCoordsets()
        assert_equal(coords, concat[:3])
        assert_equal(coords, concat[3:6])
        assert_equal(coords, concat[6:])

コード例 #6

ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: barettog1/ProDy

    def testSimpleConcat(self):

        command = self.command + ' {0:s} {0:s} {0:s}'.format(self.dcdpath)

        namespace = prody_parser.parse_args(shlex.split(command))
        namespace.func(namespace)

        coords = self.dcd[:]._getCoordsets()
        concat = parseDCD(self.output)._getCoordsets()
        assert_equal(coords, concat[:3])
        assert_equal(coords, concat[3:6])
        assert_equal(coords, concat[6:])

コード例 #7

ファイル: test_dcdfile.py プロジェクト: anindita85/ProDy

 def testWriteModeAppend(self):
     dcd = DCDFile(writeDCD(self.dcd, ENSEMBLE), 'a')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     n_csets = len(ENSEMBLE)
     coordsets = e._getCoordsets()
     assert_equal(coordsets, coordsets, 
                  'failed to parse DCD file correctly')
     assert_allclose(coordsets[:n_csets], ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')

コード例 #8

 def testWriteModeAppend(self):
     dcd = DCDFile(writeDCD(self.dcd, ENSEMBLE), 'a')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     n_csets = len(ENSEMBLE)
     coordsets = e._getCoordsets()
     assert_equal(coordsets, coordsets,
                  'failed to parse DCD file correctly')
     assert_allclose(coordsets[:n_csets], ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')

コード例 #9

ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: npabon/ProDy

    def testSelectConcat(self):

        command = self.command + ' -s ca --pdb {1:s} {0:s} {0:s}'.format(
            self.dcdpath, self.pdbpath)

        namespace = prody_parser.parse_args(shlex.split(command))
        namespace.func(namespace)

        select = self.ag.ca
        assert_equal(select.numAtoms(), 10)

        coords = self.dcd[:]
        coords.setAtoms(select)
        coords = coords._getCoordsets()

        concat = parseDCD(self.output)
        assert_equal(concat.numAtoms(), select.numAtoms())
        concat = concat._getCoordsets()

        assert_equal(select.numAtoms(), coords.shape[1])
        assert_equal(select.numAtoms(), concat.shape[1])
        assert_equal(coords, concat[:3])
        assert_equal(coords, concat[3:])

コード例 #10

ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: barettog1/ProDy

    def testSelectConcat(self):

        command = self.command + ' -s ca --pdb {1:s} {0:s} {0:s}'.format(
                                self.dcdpath, self.pdbpath)

        namespace = prody_parser.parse_args(shlex.split(command))
        namespace.func(namespace)

        select = self.ag.ca
        assert_equal(select.numAtoms(), 10)

        coords = self.dcd[:]
        coords.setAtoms(select)
        coords = coords._getCoordsets()

        concat = parseDCD(self.output)
        assert_equal(concat.numAtoms(), select.numAtoms())
        concat = concat._getCoordsets()

        assert_equal(select.numAtoms(), coords.shape[1])
        assert_equal(select.numAtoms(), concat.shape[1])
        assert_equal(coords, concat[:3])
        assert_equal(coords, concat[3:])

コード例 #11

ファイル: test_dcdfile.py プロジェクト: agiorgetti1971/ProDy-1

 def testParseDCD(self):
     e = parseDCD(writeDCD(self.dcd, ALLATOMS))
     assert_equal(e._getCoordsets(),
                  DCD._getCoordsets(),
                  err_msg='failed to parse DCD file correctly')

コード例 #12

ファイル: test_dcdfile.py プロジェクト: anindita85/ProDy

 def testParseDCD(self):
     e = parseDCD(writeDCD(self.dcd, ALLATOMS))
     assert_equal(e._getCoordsets(), DCD._getCoordsets(),
                  err_msg='failed to parse DCD file correctly')