コード例 #1
0
ファイル: test_dcdfile.py プロジェクト: anindita85/ProDy
 def testWrite(self):
     dcd = DCDFile(self.dcd, 'w')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     assert_allclose(e._getCoordsets(), ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')
コード例 #2
0
ファイル: test_dcdfile.py プロジェクト: anindita85/ProDy
 def testWriteModeAppend(self):
     dcd = DCDFile(writeDCD(self.dcd, ENSEMBLE), 'a')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     n_csets = len(ENSEMBLE)
     coordsets = e._getCoordsets()
     assert_equal(coordsets, coordsets, 
                  'failed to parse DCD file correctly')
     assert_allclose(coordsets[:n_csets], ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')
コード例 #3
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ファイル: test_prody_catdcd.py プロジェクト: npabon/ProDy
    def setUp(self):

        self.output = join(TEMPDIR, 'test_prody_catdcd.dcd')

        self.dcdpath = pathDatafile('dcd')
        self.pdbpath = pathDatafile('multi_model_truncated')

        self.dcd = DCDFile(self.dcdpath)
        self.ag = parsePDB(self.pdbpath, model=1)

        self.command = 'catdcd -o ' + self.output

        self.tearDown()
コード例 #4
0
 def testWrite(self):
     dcd = DCDFile(self.dcd, 'w')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     assert_allclose(e._getCoordsets(), ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')
コード例 #5
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 def testWriteModeAppend(self):
     dcd = DCDFile(writeDCD(self.dcd, ENSEMBLE), 'a')
     dcd.write(ENSEMBLE.getCoordsets())
     dcd.close()
     e = parseDCD(self.dcd)
     n_csets = len(ENSEMBLE)
     coordsets = e._getCoordsets()
     assert_equal(coordsets, coordsets,
                  'failed to parse DCD file correctly')
     assert_allclose(coordsets[:n_csets], ENSEMBLE._getCoordsets(),
                     rtol=RTOL, atol=ATOL,
                     err_msg='failed to parse DCD file correctly')