コード例 #1
0
ファイル: tests_study_page.py プロジェクト: D-I-L/pydgin 
def setUpModule():
    ''' Load test indices (study) '''
    PydginTestSettings.setupIdx(['STUDY', 'DISEASE', 'GENE', 'STUDY_HITS', 'PUBLICATION',
                                 'REGION', 'REGION_CRITERIA_IS_REGION_IN_MHC',
                                 'REGION_CRITERIA_IS_REGION_FOR_DISEASE',
                                 'GENE_CRITERIA_GENE_IN_REGION',
                                 'MARKER', 'MARKER_CRITERIA_IS_MARKER_IN_MHC',
                                 'STUDY_CRITERIA_STUDY_FOR_DISEASE'])
コード例 #2
0
def setUpModule():
    ''' Change ini config (MY_INI_FILE) to use the test suffix when
    creating pipeline indices. '''
    global INI_CONFIG
    ini_file = os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'test_criteria.ini')

    if os.path.isfile(MY_INI_FILE):
        INI_CONFIG = IniParser().read_ini(MY_INI_FILE)
        return

    with open(MY_INI_FILE, 'w') as new_file:
        with open(ini_file) as old_file:
            for line in old_file:
                new_file.write(line.replace('auto_tests', IDX_SUFFIX))

    INI_CONFIG = IniParser().read_ini(MY_INI_FILE)

    PydginTestSettings.setupIdx(['DISEASE', 'STUDY_CRITERIA_STUDY_FOR_DISEASE'])
コード例 #3
0
ファイル: test_marker_page.py プロジェクト: D-I-L/pydgin 
def setUpModule():
    ''' Load test indices (marker) '''
    PydginTestSettings.setupIdx(['MARKER', 'MARKER_IC', 'DISEASE',
                                 'MARKER_CRITERIA_IS_MARKER_IN_MHC', 'MARKER_CRITERIA_IS_AN_INDEX_SNP',
                                 'MARKER_CRITERIA_MARKER_IS_GWAS_SIGNIFICANT_STUDY',
                                 'MARKER_CRITERIA_RSQ_WITH_INDEX_SNP'])
コード例 #4
0
def setUpModule():
    """ create elastic indices for querying """
    PydginTestSettings.setupIdx(["GENE", "STUDY_HITS", "PUBLICATION", "DISEASE", "MARKER"])
コード例 #5
0
ファイル: test_regions.py プロジェクト: tottlefields/pydgin 
 def setUp(cls):
     idx = ElasticSettings.idx(RegionTest.IDX_KEY, 'STUDY_HITS')
     (RegionTest.idx, RegionTest.idx_type) = idx.split('/')
     PydginTestSettings.setupIdx(['STUDY_HITS', 'DISEASE_LOCUS', 'REGION'])
コード例 #6
0
ファイル: test_regions_rest.py プロジェクト: D-I-L/pydgin 
def setUpModule():
    ''' create elastic indices for querying '''
    PydginTestSettings.setupIdx(['GENE', 'MARKER', 'STUDY_HITS', 'DISEASE_LOCUS', 'REGION', 'DISEASE', 'IC_STATS'])
コード例 #7
0
ファイル: test_disease.py プロジェクト: tottlefields/pydgin 
 def setUp(cls):
     DiseaseTest.idx = ElasticSettings.idx('DISEASE')
     PydginTestSettings.setupIdx(['DISEASE'])
コード例 #8
0
ファイル: tests_search_engine.py プロジェクト: D-I-L/pydgin 
def setUpModule():
    ''' create elastic indices for querying '''
    PydginTestSettings.setupIdx(['GENE', 'STUDY_HITS', 'PUBLICATION', 'DISEASE', 'MARKER', 'STUDY'])
コード例 #9
0
ファイル: tests_region_page.py プロジェクト: D-I-L/pydgin 
def setUpModule():
    ''' Load test indices (region) '''
    PydginTestSettings.setupIdx(['REGION', 'STUDY_HITS', 'DISEASE',
                                 'REGION_CRITERIA_IS_REGION_IN_MHC', 'REGION_CRITERIA_IS_REGION_FOR_DISEASE'])
コード例 #10
0
ファイル: tests_gene_page.py プロジェクト: D-I-L/pydgin 
def setUpModule():
    ''' create elastic indices for querying '''
    PydginTestSettings.setupIdx(['GENE_INTERACTIONS', 'GENE', 'GENE_PATHWAY', 'DISEASE', 'PUBLICATION',
                                 'GENE_CRITERIA_IS_GENE_IN_MHC', 'GENE_CRITERIA_CAND_GENE_IN_STUDY',
                                 'GENE_CRITERIA_GENE_IN_REGION', 'GENE_CRITERIA_CAND_GENE_IN_REGION'])