Python acgtn_onlyの例

コード例 #1

ファイル: tasks_test.py プロジェクト: martinghunt/Fastaq

 def test_acgtn_only(self):
     '''Test acgtn_only'''
     tmpfile = 'tmp.test_acgtn_only.fa'
     infile = os.path.join(data_dir, 'test_acgtn_only.in.fa')
     expected = os.path.join(data_dir, 'test_acgtn_only.expected.fa')
     tasks.acgtn_only(infile, tmpfile)
     self.assertTrue(filecmp.cmp(expected, tmpfile, shallow=False))
     os.unlink(tmpfile)

コード例 #2

ファイル: tasks_test.py プロジェクト: sanger-pathogens/Fastaq

 def test_acgtn_only(self):
     '''Test acgtn_only'''
     tmpfile = 'tmp.test_acgtn_only.fa'
     infile = os.path.join(data_dir, 'test_acgtn_only.in.fa')
     expected = os.path.join(data_dir, 'test_acgtn_only.expected.fa')
     tasks.acgtn_only(infile, tmpfile)
     self.assertTrue(filecmp.cmp(expected, tmpfile, shallow=False))
     os.unlink(tmpfile)

コード例 #3

ファイル: acgtn_only.py プロジェクト: martinghunt/Fastaq

def run(description):
    parser = argparse.ArgumentParser(
    description = 'Replaces any character that is not one of acgtACGTnN with an N',
    usage = 'fastaq acgtn_only [options] <infile> <outfile>')
    parser.add_argument('infile', help='Name of input file')
    parser.add_argument('outfile', help='Name of output file')
    options = parser.parse_args()
    tasks.acgtn_only(options.infile, options.outfile)

コード例 #4

def run(description):
    parser = argparse.ArgumentParser(
        description=
        'Replaces any character that is not one of acgtACGTnN with an N',
        usage='fastaq acgtn_only [options] <infile> <outfile>')
    parser.add_argument('infile', help='Name of input file')
    parser.add_argument('outfile', help='Name of output file')
    options = parser.parse_args()
    tasks.acgtn_only(options.infile, options.outfile)