Python get_seqs_flanking_gapsの例

コード例 #1

ファイル: get_seq_flanking_gaps.py プロジェクト: martinghunt/Fastaq

def run(description):
    parser = argparse.ArgumentParser(
        description = description,
        usage = 'fastaq get_seq_flanking_gaps [options] <infile> <outfile>')
    parser.add_argument('--left', type=int, help='Number of bases to get to left of gap [%(default)s]', default=25, metavar='INT')
    parser.add_argument('--right', type=int, help='Number of bases to get to right of gap [%(default)s]', default=25, metavar='INT')
    parser.add_argument('infile', help='Name of input file')
    parser.add_argument('outfile', help='Name of output file')
    options = parser.parse_args()
    tasks.get_seqs_flanking_gaps(options.infile, options.outfile, options.left, options.right)

コード例 #2

 def test_get_seqs_flanking_gaps(self):
     outfile = 'tmp.seqs_flanking_gaps'
     tasks.get_seqs_flanking_gaps(
         os.path.join(data_dir, 'sequences_test_get_seqs_flanking_gaps.fa'),
         outfile, 3, 3)
     self.assertTrue(
         filecmp.cmp(
             outfile,
             os.path.join(data_dir,
                          'sequences_test_get_seqs_flanking_gaps.fa.out')))
     os.unlink(outfile)

コード例 #3

ファイル: get_seq_flanking_gaps.py プロジェクト: jhh130910/code-test

def run(description):
    parser = argparse.ArgumentParser(
        description=description,
        usage='fastaq get_seq_flanking_gaps [options] <infile> <outfile>')
    parser.add_argument(
        '--left',
        type=int,
        help='Number of bases to get to left of gap [%(default)s]',
        default=25,
        metavar='INT')
    parser.add_argument(
        '--right',
        type=int,
        help='Number of bases to get to right of gap [%(default)s]',
        default=25,
        metavar='INT')
    parser.add_argument('infile', help='Name of input file')
    parser.add_argument('outfile', help='Name of output file')
    options = parser.parse_args()
    tasks.get_seqs_flanking_gaps(options.infile, options.outfile, options.left,
                                 options.right)

コード例 #4

ファイル: tasks_test.py プロジェクト: martinghunt/Fastaq

 def test_get_seqs_flanking_gaps(self):
     outfile = 'tmp.seqs_flanking_gaps'
     tasks.get_seqs_flanking_gaps(os.path.join(data_dir, 'sequences_test_get_seqs_flanking_gaps.fa'), outfile, 3, 3)
     self.assertTrue(filecmp.cmp(outfile, os.path.join(data_dir, 'sequences_test_get_seqs_flanking_gaps.fa.out')))
     os.unlink(outfile)