Python generate_probe_graphの例

コード例 #1

ファイル: test_utilities.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

 def setUp(self):
     self.file_name = test_image_path
     self.directory = os.path.dirname(self.file_name)
     self.key = 'Stack'
     self.test_dict = {
         '__traits_version__':
         '4.6.0',
         'some_important_data': {
             '__traits_version__': '4.6.0',
             'value': 10
         },
         '_some_private_data': {
             '__instance_traits__': ['yes', 'some']
         },
         '___': {
             '__': 'a',
             'foo': 'bar'
         },
         'list_of_dicts': [{
             '__bad_key__': 'bad',
             'good_key': 'good'
         }, {
             'also_good_key': 'good'
         }]
     }
     self.graph = generate_probe_graph()

コード例 #2

ファイル: test_base_kmeans_cluster.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

    def setUp(self):
        (self.image, self.labels, self.binary, self.stack) = generate_image()
        self.network = generate_probe_graph()

        self.image = np.stack([self.image] * 3, axis=-1)

        self.bd_filter = ProbeKmeansFilter(n_runs=2, n_clusters=2)

コード例 #3

ファイル: test_convertors.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

 def setUp(self):
     (self.image, self.labels, self.binary, self.stack) = generate_image()
     self.network = generate_probe_graph()
     self.regions = generate_regions()
     self.segments = [
         ProbeSegment(region=region) for region in self.regions
     ]

コード例 #4

ファイル: test_shg_analyser.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

    def setUp(self):
        self.image, _, _, _ = generate_image()
        self.network = generate_probe_graph()
        self.fibre_networks = [ProbeFibreNetwork()]
        self.fibre_segments = [generate_probe_segment(FibreSegment)]
        self.cell_segments = [generate_probe_segment(CellSegment)]

        self.multi_image = ProbeSHGImage()
        self.analyser = SHGAnalyser(multi_image=self.multi_image)
        self.runner = PyFibreRunner()

コード例 #5

ファイル: test_fibre_utilities.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

    def setUp(self):

        self.image, _, _, _ = generate_image()
        self.network = generate_probe_graph()
        self.pos_2D = np.array([[1, 3], [4, 2], [1, 5]])
        self.answer_d_2D = np.array([[[0, 0], [3, -1], [0, 2]],
                                     [[-3, 1], [0, 0], [-3, 3]],
                                     [[0, -2], [3, -3], [0, 0]]])
        self.answer_r2_2D = np.array([[0, 10, 4], [10, 0, 18], [4, 18, 0]])
        self.answer_cos_the = np.array([0, 0.9486833])

コード例 #6

ファイル: test_base_graph_segment.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

    def setUp(self):

        self.graph = generate_probe_graph()
        self.graph_segment = ProbeGraphSegment()

コード例 #7

ファイル: test_segment_utilities.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

 def setUp(self):
     (self.image, self.labels, self.binary, self.stack) = generate_image()
     self.network = generate_probe_graph()
     self.regions = generate_regions()

コード例 #8

ファイル: test_segmentation.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

    def setUp(self):
        (self.image, self.labels, self.binary, self.stack) = generate_image()
        self.network = generate_probe_graph()

        self.fibre_networks = [ProbeFibreNetwork()]
        self.bd_filter = ProbeKmeansFilter()

コード例 #9

ファイル: test_fibre_assigner.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

    def setUp(self):

        self.fibre_assignment = FibreAssigner()
        self.graph = generate_probe_graph()

コード例 #10

ファイル: test_network_extraction.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

 def setUp(self):
     self.network = generate_probe_graph()
     self.image = imread(test_image_path).mean(axis=-1)

コード例 #11

    def setUp(self):

        self.network = generate_probe_graph()

コード例 #12

ファイル: objects.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     kwargs['graph'] = generate_probe_graph()
     super().__init__(*args, **kwargs)
     self.fibres = self.generate_fibres()
     self.red_graph = self.generate_red_graph()

コード例 #13

ファイル: objects.py プロジェクト: franklongford/PyFibre

 def __init__(self, *args, **kwargs):
     kwargs['graph'] = generate_probe_graph()
     super().__init__(*args, **kwargs)