Python fnabの例

コード例 #1

ファイル: build.py プロジェクト: av-hub/pymol-testing

    def testDoubleRNAFASTA(self):
        rna = "AUUUUUUUCG"
        cmd.fnab(input=rna, mode="RNA", form="B", dbl_helix=1)

        fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
        self.assertEqual(len(fasta_str), 2)
        sense_strand = fasta_str[1]
        self.assertEqual(rna, sense_strand)

コード例 #2

ファイル: build.py プロジェクト: schrodinger/pymol-testing

    def testDoubleRNAFASTA(self):
        rna = "AUUUUUUUCG"
        cmd.fnab(input=rna, mode="RNA", form="B", dbl_helix=1)

        fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
        self.assertEqual(len(fasta_str), 2)        
        sense_strand = fasta_str[1]
        self.assertEqual(rna, sense_strand)

コード例 #3

ファイル: build.py プロジェクト: av-hub/pymol-testing

    def testMixedCase(self):
        dna = "AtG"
        revcomp = "CAT"
        cmd.fnab(input=dna)

        fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
        fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
        sense_strand = fasta_raw[0]
        antisense_strand = fasta_raw[1]
        self.assertEqual(dna.upper(), sense_strand)
        self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)

コード例 #4

ファイル: build.py プロジェクト: schrodinger/pymol-testing

    def testMixedCase(self):
        dna = "AtG"
        revcomp = "CAT"
        cmd.fnab(input=dna)

        fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
        fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
        sense_strand = fasta_raw[0]
        antisense_strand = fasta_raw[1]
        self.assertEqual(dna.upper(), sense_strand)
        self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)

コード例 #5

ファイル: build.py プロジェクト: av-hub/pymol-testing

 def testDoubleDNAFASTA(self):
     dna = "ATCCCCG"
     revcomp = "CGGGGAT"
     cmd.fnab(input=dna, dbl_helix=1)
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
     sense_strand = fasta_raw[0]
     antisense_strand = fasta_raw[1]
     self.assertEqual(dna, sense_strand)
     self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)
     cmd.delete('all')
     cmd.fnab(input=dna)
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
     sense_strand = fasta_raw[0]
     antisense_strand = fasta_raw[1]
     self.assertEqual(dna, sense_strand)
     self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)

コード例 #6

ファイル: build.py プロジェクト: schrodinger/pymol-testing

 def testDoubleDNAFASTA(self):
     dna = "ATCCCCG"
     revcomp = "CGGGGAT"
     cmd.fnab(input=dna, dbl_helix=1)
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
     sense_strand = fasta_raw[0]
     antisense_strand = fasta_raw[1]
     self.assertEqual(dna, sense_strand)
     self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)
     cmd.delete('all')
     cmd.fnab(input=dna)
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
     sense_strand = fasta_raw[0]
     antisense_strand = fasta_raw[1]
     self.assertEqual(dna, sense_strand)
     self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)

コード例 #7

ファイル: build.py プロジェクト: av-hub/pymol-testing

 def testCanInit(self):
     self.assertEqual(cmd.fnab("A"), None)

コード例 #8

ファイル: build.py プロジェクト: av-hub/pymol-testing

 def testSingleRNAFASTA(self):
     rna = "AUGC"
     cmd.fnab(input=rna, mode="RNA")
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     self.assertEqual(rna, fasta_str[1])

コード例 #9

ファイル: build.py プロジェクト: av-hub/pymol-testing

 def testSingleDNAFASTA(self):
     dna = "ATGC"
     cmd.fnab(input=dna, mode="DNA", form="B", dbl_helix=-1)
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     self.assertEqual(dna, fasta_str[1])

コード例 #10

ファイル: build.py プロジェクト: schrodinger/pymol-testing

 def testCanInit(self):
     self.assertEqual(cmd.fnab("A"), None)

コード例 #11

ファイル: build.py プロジェクト: schrodinger/pymol-testing

 def testSingleRNAFASTA(self):
     rna = "AUGC"
     cmd.fnab(input=rna, mode="RNA")
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     self.assertEqual(rna, fasta_str[1])

コード例 #12

ファイル: build.py プロジェクト: schrodinger/pymol-testing

 def testSingleDNAFASTA(self):
     dna = "ATGC"
     cmd.fnab(input=dna, mode="DNA", form="B", dbl_helix=-1)
     fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
     self.assertEqual(dna, fasta_str[1])