コード例 #1
0
ファイル: msa_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix 
def test_msa_from_lines__empty_name():
    MSA.from_lines([">", "ACG", ">seq1", "TGAN"])
コード例 #2
0
ファイル: msa_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix 
def test_msa_from_lines__mismatched_lengths():
    MSA.from_lines([">seq1", "ACG", ">seq2", "TGAN"])
コード例 #3
0
ファイル: msa_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix 
def test_msa_from_lines__duplicate_names():
    MSA.from_lines([">seq1", "ACG", ">seq1", "TGA"])
コード例 #4
0
ファイル: msa_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix 
def test_msa_from_lines__two_entries_with_meta():
    lines    = [">seq1", "ACG", ">seq2 Second meta", "TGA"]
    expected = MSA([FASTA("seq1", None, "ACG"),
                    FASTA("seq2", "Second meta", "TGA")])
    result   = MSA.from_lines(lines)
    assert_equal(result, expected)
コード例 #5
0
ファイル: msa_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix 
def test_msa_from_lines__single_entry_with_meta():
    lines    = [">seq1 Meta info", "ACG"]
    expected = MSA([FASTA("seq1", "Meta info", "ACG")])
    result   = MSA.from_lines(lines)
    assert_equal(result, expected)
コード例 #6
0
ファイル: msa_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix 
def test_msa_from_lines__single_entry():
    lines  = [">seq1", "ACG"]
    result = MSA([FASTA("seq1", None, "ACG")])
    assert_equal(MSA.from_lines(lines), result)