コード例 #1
0
ファイル: node_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_is_done__subnode_output_changes(temp_folder):
    temp_file = os.path.join(temp_folder, "file.txt")
    subnode   = Node(output_files = temp_file)
    my_node   = Node(subnodes = subnode)
    assert not my_node.is_done
    set_file_contents(temp_file, "foo")
    assert my_node.is_done
コード例 #2
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_move_file__overwrite(temp_folder):
    with SetWorkingDirectory(temp_folder):
        set_file_contents("file_1", "4")
        set_file_contents("file_2", "5")
        move_file("file_1", "file_2")
        assert_equal(os.listdir("."), ["file_2"])
        assert_equal(get_file_contents("file_2"), "4")
コード例 #3
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_move_file__move_to_different_folder(temp_folder):
    with SetWorkingDirectory(temp_folder):
        set_file_contents("file_1", "3")
        move_file("file_1", "dst/file_1")
        assert_equal(os.listdir("."), ["dst"])
        assert_equal(os.listdir("dst"), ["file_1"])
        assert_equal(get_file_contents("dst/file_1"), "3")
コード例 #4
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_move_file__simple_move_in_cwd(temp_folder):
    with SetWorkingDirectory(temp_folder):
        assert_equal(os.listdir("."), [])
        set_file_contents("file_1", "1")
        assert_equal(os.listdir("."), ["file_1"])
        move_file("file_1", "file_2")
        assert_equal(os.listdir("."), ["file_2"])
        assert_equal(get_file_contents("file_2"), "1")
コード例 #5
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_move_file__move_to_new_folder(temp_folder):
    assert make_dirs(os.path.join(temp_folder, "src"))
    file_1 = os.path.join(temp_folder, "src", "file_1")
    file_2 = os.path.join(temp_folder, "dst", "file_2")
    set_file_contents(file_1, "2")
    move_file(file_1, file_2)
    assert_equal(os.listdir(os.path.dirname(file_1)), [])
    assert_equal(os.listdir(os.path.dirname(file_2)), ["file_2"])
    assert_equal(get_file_contents(file_2), "2")
コード例 #6
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_move_file__simple_move(temp_folder):
    file_1 = os.path.join(temp_folder, "file_1")
    file_2 = os.path.join(temp_folder, "file_2")
    assert_equal(os.listdir(temp_folder), [])
    set_file_contents(file_1, "1")
    assert_equal(os.listdir(temp_folder), ["file_1"])
    move_file(file_1, file_2)
    assert_equal(os.listdir(temp_folder), ["file_2"])
    assert_equal(get_file_contents(file_2), "1")
コード例 #7
0
ファイル: nodegraph_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix
def test_nodegraph_is_done__output_changes(temp_folder):
    temp_file_1 = os.path.join(temp_folder, "file_1.txt")
    temp_file_2 = os.path.join(temp_folder, "file_2.txt")
    my_node = flexmock(output_files=(temp_file_1, temp_file_2))
    assert not NodeGraph._is_done(my_node, FileStatusCache())
    set_file_contents(temp_file_1, "foo")
    assert not NodeGraph._is_done(my_node, FileStatusCache())
    set_file_contents(temp_file_2, "bar")
    assert NodeGraph._is_done(my_node, FileStatusCache())
コード例 #8
0
ファイル: node_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_is_done__output_changes(temp_folder):
    temp_file_1 = os.path.join(temp_folder, "file_1.txt")
    temp_file_2 = os.path.join(temp_folder, "file_2.txt")
    my_node   = Node(output_files = (temp_file_1, temp_file_2))
    assert not my_node.is_done
    set_file_contents(temp_file_1, "foo")
    assert not my_node.is_done
    set_file_contents(temp_file_2, "bar")
    assert my_node.is_done
コード例 #9
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_copy_file__simple_copy(temp_folder):
    file_1 = os.path.join(temp_folder, "file_1")
    file_2 = os.path.join(temp_folder, "file_2")
    assert_equal(os.listdir(temp_folder), [])
    set_file_contents(file_1, "1")
    assert_equal(os.listdir(temp_folder), ["file_1"])
    copy_file(file_1, file_2)
    assert_equal(set(os.listdir(temp_folder)), set(["file_1", "file_2"]))
    assert_equal(get_file_contents(file_1), "1")
    assert_equal(get_file_contents(file_2), "1")
コード例 #10
0
ファイル: command_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix
def test_atomiccmd__pipes_stdin__temp_file(temp_folder):
    cmd = AtomicCmd("cat",
                    TEMP_IN_STDIN  = "infile.fasta",
                    OUT_STDOUT     = "result.txt")
    assert_equal(cmd.input_files, frozenset())
    set_file_contents(os.path.join(temp_folder, "infile.fasta"), "a\nbc\nd")
    cmd.run(temp_folder)
    assert_equal(cmd.join(), [0])
    result = get_file_contents(os.path.join(temp_folder, "infile.fasta"))
    assert_equal(result, "a\nbc\nd")
コード例 #11
0
ファイル: command_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix
def test_atomiccmd__commit_temp_out(temp_folder):
    dest, temp = _setup_for_commit(temp_folder, create_cmd = False)
    cmd = AtomicCmd(("echo", "foo"),
                    OUT_STDOUT   = os.path.join(dest, "foo.txt"),
                    TEMP_OUT_FOO = "bar.txt")
    cmd.run(temp)
    assert_equal(cmd.join(), [0])
    set_file_contents(os.path.join(temp, "bar.txt"), "1 2 3")
    cmd.commit(temp)
    assert_equal(os.listdir(temp), [])
    assert_equal(os.listdir(dest), ["foo.txt"])
コード例 #12
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_copy_file__copy_to_existing_folder(temp_folder):
    assert make_dirs(os.path.join(temp_folder, "src"))
    assert make_dirs(os.path.join(temp_folder, "dst"))
    file_1 = os.path.join(temp_folder, "src", "file_1")
    file_2 = os.path.join(temp_folder, "dst", "file_2")
    set_file_contents(file_1, "2")
    copy_file(file_1, file_2)
    assert_equal(os.listdir(os.path.dirname(file_1)), ["file_1"])
    assert_equal(os.listdir(os.path.dirname(file_2)), ["file_2"])
    assert_equal(get_file_contents(file_1), "2")
    assert_equal(get_file_contents(file_2), "2")
コード例 #13
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix
def test_move_dirs__permission_denied(temp_folder):
    dst_folder = os.path.join(temp_folder, "dst")
    file_1 = os.path.join(temp_folder, "file")
    file_2 = os.path.join(dst_folder, "file")
    set_file_contents(file_1, "1")

    # Make destination folder read-only
    assert make_dirs(os.path.join(temp_folder, "dst"))
    mode = os.stat(dst_folder).st_mode
    ro_mode = mode & ~(stat.S_IWUSR | stat.S_IWGRP | stat.S_IWOTH)
    os.chmod(dst_folder, ro_mode)

    # Non ENOENT errors should be re-raised:
    assert_raises(IOError, move_file, file_1, file_2)
コード例 #14
0
ファイル: node_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_commandnode_teardown__extra_files_in_temp(temp_folder):
    destination, temp_folder = _setup_temp_folders(temp_folder)

    cmd = AtomicCmd(("echo", "-n", "1 2 3"),
                    OUT_STDOUT = os.path.join(destination, "foo.txt"))
    cmd.run(temp_folder)
    assert_equal(cmd.join(), [0])
    node = CommandNode(cmd)
    set_file_contents(os.path.join(temp_folder, "bar.txt"), "1 2 3")
    temp_files_before = set(os.listdir(temp_folder))
    dest_files_before = set(os.listdir(destination))

    assert_raises(CmdNodeError, node._teardown, None, temp_folder)
    assert_equal(temp_files_before, set(os.listdir(temp_folder)))
    assert_equal(dest_files_before, set(os.listdir(destination)))
コード例 #15
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix
def test_try_rmtree(temp_folder):
    fpath = os.path.join(temp_folder, "testdir")
    os.mkdir(fpath)
    set_file_contents(os.path.join(fpath, "file"), "1 2 3")
    assert try_rmtree(fpath)
    assert not os.path.exists(fpath)
コード例 #16
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: schae234/pypeline
def test_try_remove(temp_folder):
    fpath = os.path.join(temp_folder, "test.txt")
    set_file_contents(fpath, "1 2 3")
    assert try_remove(fpath)
コード例 #17
0
ファイル: fileutils_test.py プロジェクト: CarlesV/paleomix
def test_try_rmdir__non_file(temp_folder):
    fpath = os.path.join(temp_folder, "test.txt")
    set_file_contents(fpath, "1 2 3")
    assert_raises(OSError, try_rmdir, fpath)