Python generate_lane_maskの例

コード例 #1

ファイル: test_filter_alignment.py プロジェクト: ElDeveloper/qiime

    def test_generate_lane_mask(self):

        sample_alignment = """>1
        AAAAT
        >2
        AAAGG
        >3
        AACCC
        >4
        A----""".split('\n')
        aln = Alignment.from_fasta_records(parse_fasta(sample_alignment), DNA)

        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.00)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11111")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.10)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11100")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.20)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11100")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.40)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11000")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.60)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11000")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.80)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "10000")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 1.00)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "00000")

コード例 #2

ファイル: test_filter_alignment.py プロジェクト: davidvilanova/qiime

    def test_generate_lane_mask(self):

        sample_alignment = """>1
        AAAAT
        >2
        AAAGG
        >3
        AACCC
        >4
        A----""".split('\n')
        aln = Alignment.from_fasta_records(parse_fasta(sample_alignment), DNA)

        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.00)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11111")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.10)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11100")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.20)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11100")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.40)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11000")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.60)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "11000")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.80)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "10000")
        actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 1.00)
        self.assertEqual(actual_lanemask, "00000")

コード例 #3

ファイル: test_filter_alignment.py プロジェクト: Jorge-C/qiime

 def test_generate_lane_mask(self):
     """ Generates correct lane mask for dynamic entropy filtering """
     
     sample_alignment = """>1
     .ATC-G
     >2
     .AACCG
     >3
     .ATC-G
     >4
     .AAC-G""".split('\n')
     
     entropy_threshold = 0.70
     
     expected_lanemask = "110101"
     
     actual_lanemask = generate_lane_mask(sample_alignment,
      entropy_threshold)
      
     self.assertEqual(actual_lanemask, expected_lanemask)

コード例 #4

    def test_generate_lane_mask(self):
        """ Generates correct lane mask for dynamic entropy filtering """

        sample_alignment = """>1
        .ATC-G
        >2
        .AACCG
        >3
        .ATC-G
        >4
        .AAC-G""".split('\n')

        entropy_threshold = 0.70

        expected_lanemask = "110101"

        actual_lanemask = generate_lane_mask(sample_alignment,
                                             entropy_threshold)

        self.assertEqual(actual_lanemask, expected_lanemask)