コード例 #1
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: TheSchwa/qiime
 def test_golay_module1(self):
     """switching the last base, decode() should recover the original barcode
     """
     sent = golay.encode([0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0])
     rec = sent[:-1] + 'C'  # possible error here
     decoded, errors = golay.decode(rec)
     self.assertEqual(decoded, sent)
     self.assertLessThan(errors, 1.5)
     rec = sent[:-1] + 'T'  # possible error here
     decoded, errors = golay.decode(rec)
     self.assertEqual(decoded, sent)
     self.assertLessThan(errors, 1.5)
コード例 #2
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: rob-knight/qiime
 def test_golay_module1(self):
     """switching the last base, decode() should recover the original barcode
     """
     sent = golay.encode([0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0])
     rec = sent[:-1] + 'C'  # possible error here
     decoded, errors = golay.decode(rec)
     self.assertEqual(decoded, sent)
     self.assertLessThan(errors, 1.5)
     rec = sent[:-1] + 'T'  # possible error here
     decoded, errors = golay.decode(rec)
     self.assertEqual(decoded, sent)
     self.assertLessThan(errors, 1.5)
コード例 #3
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: TheSchwa/qiime
 def test_decode(self):
     """ decode should decode barcodes from tutorial"""
     barcodes = ['AGCACGAGCCTA',
                 'AACTCGTCGATG',
                 'ACAGACCACTCA',
                 'ACCAGCGACTAG',
                 'AGCAGCACTTGT',
                 'AACTGTGCGTAC',
                 'ACAGAGTCGGCT',
                 'ACCGCAGAGTCA',
                 'ACGGTGAGTGTC', ]
     for bc in barcodes:
         self.assertEqual(golay.decode(bc), (bc, 0))
     for bc in barcodes:
         err_bc = 'C' + bc[1:]
         self.assertEqual(golay.decode(err_bc), (bc, 2))
コード例 #4
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: Sandy4321/FizzyQIIME
 def test_decode(self):
     """ decode should decode barcodes from tutorial"""
     barcodes = ['AGCACGAGCCTA',
                 'AACTCGTCGATG',
                 'ACAGACCACTCA',
                 'ACCAGCGACTAG',
                 'AGCAGCACTTGT',
                 'AACTGTGCGTAC',
                 'ACAGAGTCGGCT',
                 'ACCGCAGAGTCA',
                 'ACGGTGAGTGTC',]
     for bc in barcodes:
         self.assertEqual(golay.decode(bc),(bc,0))
     for bc in barcodes:
         err_bc = 'C'+bc[1:]
         self.assertEqual(golay.decode(err_bc),(bc,2))
コード例 #5
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: TheSchwa/qiime
    def test_golay600_2bit_errors(self):
        """ A->C, G->T errors should be 2 bit errors for all 600 barcodes """
        for bc in golay600:
            if bc.count('A') == 0:
                continue  # only check those with A's
            err_bc = bc.replace('A', 'C', 1)
            corr, num_errs = golay.decode(err_bc)
            self.assertEqual(corr, bc)
            self.assertEqual(num_errs, 2)

        for bc in golay600:
            if bc.count('G') == 0:
                continue  # only check those with A's
            err_bc = bc.replace('G', 'T', 1)
            corr, num_errs = golay.decode(err_bc)
            self.assertEqual(corr, bc)
            self.assertEqual(num_errs, 2)
コード例 #6
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: rob-knight/qiime
    def test_golay600_2bit_errors(self):
        """ A->C, G->T errors should be 2 bit errors for all 600 barcodes """
        for bc in golay600:
            if bc.count('A') == 0:
                continue  # only check those with A's
            err_bc = bc.replace('A', 'C', 1)
            corr, num_errs = golay.decode(err_bc)
            self.assertEqual(corr, bc)
            self.assertEqual(num_errs, 2)

        for bc in golay600:
            if bc.count('G') == 0:
                continue  # only check those with A's
            err_bc = bc.replace('G', 'T', 1)
            corr, num_errs = golay.decode(err_bc)
            self.assertEqual(corr, bc)
            self.assertEqual(num_errs, 2)
コード例 #7
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: TheSchwa/qiime
    def test_golay_matches_old_code(self):
        """ decode should behave as micah's code did, i.e., same golay encoding

        this requires
        DEFAULT_NT_TO_BITS = { "A":"11",  "C":"00", "T":"10", "G":"01"}
        """
        NT_TO_BITS = {"A": "11", "C": "00", "T": "10", "G": "01"}
        original = 'GCATCGTCAACA'
        rec = 'GCATCGTCCACA'
        corr, nt_errs = golay.decode(rec, NT_TO_BITS)
        self.assertEqual(corr, original)
        self.assertEqual(nt_errs, 2)
コード例 #8
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: rob-knight/qiime
 def test_golay_matches_old_code(self):
     """ decode should behave as micah's code did, i.e., same golay encoding
     
     this requires 
     DEFAULT_NT_TO_BITS = { "A":"11",  "C":"00", "T":"10", "G":"01"}
     """
     NT_TO_BITS = {"A": "11", "C": "00", "T": "10", "G": "01"}
     original = 'GCATCGTCAACA'
     rec = 'GCATCGTCCACA'
     corr, nt_errs = golay.decode(rec, NT_TO_BITS)
     self.assertEqual(corr, original)
     self.assertEqual(nt_errs, 2)
コード例 #9
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: TheSchwa/qiime
 def test_golay600_codes(self):
     """ all 600 codes should be left uncorrected, 0 errors"""
     for bc in golay600:
         corr, num_errs = golay.decode(bc)
         self.assertEqual(corr, bc)
         self.assertEqual(num_errs, 0)
コード例 #10
0
ファイル: test_golay.py プロジェクト: rob-knight/qiime
 def test_golay600_codes(self):
     """ all 600 codes should be left uncorrected, 0 errors"""
     for bc in golay600:
         corr, num_errs = golay.decode(bc)
         self.assertEqual(corr, bc)
         self.assertEqual(num_errs, 0)