Python get_reference_taxonomyの例

コード例 #1

ファイル: test_init.py プロジェクト: gregcaporaso/qiime-default-reference

    def test_get_reference_taxonomy(self):
        fp = get_reference_taxonomy()
        self.assertIn(
            os.path.join('gg_13_8_otus', 'taxonomy', '97_otu_taxonomy.txt'), fp)
        self.assertTrue(os.path.isfile(fp))
        self.assertTrue(os.path.isabs(fp))

        with open(fp, 'rb') as f:
            md5 = safe_md5(f).hexdigest()
        self.assertEqual(md5, '56ef15dccf2e931ec173f4f977ed649b')

コード例 #2

ファイル: test_init.py プロジェクト: linls1912/qiime-default-reference

    def test_get_reference_taxonomy(self):
        fp = get_reference_taxonomy()
        self.assertIn(
            os.path.join('gg_13_8_otus', 'taxonomy', '97_otu_taxonomy.txt'),
            fp)
        self.assertTrue(os.path.isfile(fp))
        self.assertTrue(os.path.isabs(fp))

        with open(fp, 'rb') as f:
            md5 = safe_md5(f).hexdigest()
        self.assertEqual(md5, '56ef15dccf2e931ec173f4f977ed649b')

コード例 #3

ファイル: notebook_environment.py プロジェクト: mwerner123/American-Gut

def get_reference_set():
    """Get the reference set to use for OTU picking

    Returns
    -------
    str
        The file path to the reference sequences.
    str
        The file path to the reference taxonomy.
    """
    if ag.is_test_env():
        repo = get_repository_dir()
        ref_seqs = os.path.join(repo, 'tests/data/otus.fna')
        ref_tax = os.path.join(repo, 'tests/data/otus.txt')
        return ref_seqs, ref_tax
    else:
        return qdr.get_reference_sequences(), qdr.get_reference_taxonomy()

コード例 #4

ファイル: notebook_environment.py プロジェクト: AshkaanF/American-Gut

def get_reference_set():
    """Get the reference set to use for OTU picking

    Returns
    -------
    str
        The file path to the reference sequences.
    str
        The file path to the reference taxonomy.
    """
    if ag.is_test_env():
        repo = get_repository_dir()
        ref_seqs = os.path.join(repo, 'tests/data/otus.fna')
        ref_tax = os.path.join(repo, 'tests/data/otus.txt')
        return ref_seqs, ref_tax
    else:
        return qdr.get_reference_sequences(), qdr.get_reference_taxonomy()

コード例 #5

ファイル: homologySearch.py プロジェクト: ovvesley/olatcg

def defineTaxSeqsFile(uploadedSeqsFile):
    #    uploadSeqsFile(uploadedSeqsFile)
    return compareWithDB(uploadedSeqsFile, qdr.get_reference_sequences(),
                         qdr.get_reference_taxonomy())