Python load_parameters_from_cmdの例

コード例 #1

ファイル: test_commands.py プロジェクト: MarkBruns/qiita

 def test_load_parameters_from_cmd(self):
     new = load_parameters_from_cmd(
         "test", self.fp, "preprocessed_sequence_illumina_params")
     obs = new.to_str()
     exp = ("--barcode_type hamming_8 --max_bad_run_length 3 "
            "--max_barcode_errors 1.5 --min_per_read_length_fraction 0.75 "
            "--phred_quality_threshold 3 --sequence_max_n 0")
     self.assertEqual(obs, exp)

コード例 #2

 def test_load_parameters_from_cmd(self):
     new = load_parameters_from_cmd(
         "test", self.fp, "preprocessed_sequence_illumina_params")
     obs = new.to_str()
     exp = ("--barcode_type hamming_8 --max_bad_run_length 3 "
            "--max_barcode_errors 1.5 --min_per_read_length_fraction 0.75 "
            "--phred_quality_threshold 3 --sequence_max_n 0")
     self.assertEqual(obs, exp)

コード例 #3

ファイル: test_commands.py プロジェクト: MarkBruns/qiita

 def test_load_parameters_from_cmd_error_format(self):
     with self.assertRaises(ValueError):
         load_parameters_from_cmd("test", self.fp_wrong,
                                  "preprocessed_sequence_illumina_params")

コード例 #4

ファイル: test_commands.py プロジェクト: MarkBruns/qiita

 def test_load_parameters_from_cmd_error(self):
     with self.assertRaises(ValueError):
         load_parameters_from_cmd("test", self.fp, "does_not_exist")

コード例 #5

 def test_load_parameters_from_cmd_error_format(self):
     with self.assertRaises(ValueError):
         load_parameters_from_cmd("test", self.fp_wrong,
                                  "preprocessed_sequence_illumina_params")

コード例 #6

 def test_load_parameters_from_cmd_error(self):
     with self.assertRaises(ValueError):
         load_parameters_from_cmd("test", self.fp, "does_not_exist")