コード例 #1
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_energy(self, coords):
     energy = self.shift
     for i, qi in enumerate(self.charges):
         for j, qj in enumerate(self.charges):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             bond = IC('_internal_ei_bond', [i, j], bond_length)
             energy += qi*qj/bond.value(coords)*scale
     return energy
コード例 #2
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_gradient(self, coords):
     grad = np.zeros(3*len(self.charges), float)
     for i, qi in enumerate(self.charges):
         for j, qj in enumerate(self.charges):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             bond = IC('_internal_ei_bond', [i, j], bond_length)
             r = bond.value(coords)
             grad += -qi*qj/(r**2)*bond.grad(coords)*scale
     return grad
コード例 #3
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_energy(self, coords):
     energy = self.shift
     for i, qi in enumerate(self.charges):
         for j, qj in enumerate(self.charges):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             bond = IC('_internal_ei_bond', [i, j], bond_length)
             r = bond.value(coords)
             sigma = np.sqrt(self.sigmas[i]**2+self.sigmas[j]**2)
             energy += scale*qi*qj/r*math.erf(r/sigma)
     return energy
コード例 #4
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_hessian(self, coords):
     hess = np.zeros([3*len(self.charges), 3*len(self.charges)], float)
     for i, qi in enumerate(self.charges):
         for j, qj in enumerate(self.charges):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             bond = IC('_internal_ei_bond', [i, j], bond_length)
             r = bond.value(coords)
             qgrad = bond.grad(coords)
             hess += qi*qj/(r**2)*(2.0/r*np.outer(qgrad, qgrad) - bond.hess(coords))*scale
     return hess
コード例 #5
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_gradient(self, coords):
     grad = np.zeros(3*len(coords), float)
     for i, (si, ei) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
         for j, (sj, ej) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             sigma = 0.5*(si+sj)
             epsilon = np.sqrt(ei*ej)
             bond = IC('_internal_vdw_bond', [i, j], bond_length)
             x = (bond.value(coords)/sigma)
             grad += scale*epsilon/sigma*(-2.208e6*np.exp(-12.0*x) + 13.5/x**7)*bond.grad(coords)
     return grad
コード例 #6
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_energy(self, coords):
     energy = self.shift
     for i, (si, ei) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
         for j, (sj, ej) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             sigma = 0.5*(si+sj)
             epsilon = np.sqrt(ei*ej)
             bond = IC('_internal_vdw_bond', [i, j], bond_length)
             x = (bond.value(coords)/sigma)
             energy += scale*epsilon*(1.84e5*np.exp(-12.0*x) - 2.25/x**6)
     return energy
コード例 #7
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_gradient(self, coords):
     grad = np.zeros(3*len(coords), float)
     for i, (si, ei) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
         for j, (sj, ej) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             sigma = 0.5*(si+sj)
             epsilon = np.sqrt(ei*ej)
             bond = IC('_internal_vdw_bond', [i, j], bond_length)
             x = (sigma/bond.value(coords))
             grad -= 24.0*epsilon/sigma*(2.0*x**13-x**7)*bond.grad(coords)*scale
     return grad
コード例 #8
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_energy(self, coords):
     energy = self.shift
     for i, (si, ei) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
         for j, (sj, ej) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             sigma = 0.5*(si+sj)
             epsilon = np.sqrt(ei*ej)
             bond = IC('_internal_vdw_bond', [i, j], bond_length)
             x = (sigma/bond.value(coords))
             energy += 4.0*epsilon*(x**12-x**6)*scale
     return energy
コード例 #9
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_hessian(self, coords):
     hess = np.zeros([3*len(coords), 3*len(coords)], float)
     for i, (si, ei) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
         for j, (sj, ej) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             sigma = 0.5*(si+sj)
             epsilon = np.sqrt(ei*ej)
             bond = IC('_internal_vdw_bond', [i, j], bond_length)
             x = (sigma/bond.value(coords))
             qgrad = bond.grad(coords)
             hess += 24.0*epsilon/sigma**2*(26*x**14-7*x**8)*np.outer(qgrad, qgrad)*scale
             hess -= 24.0*epsilon/sigma*(2*x**13-x**7)*bond.hess(coords)*scale
     return hess
コード例 #10
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_hessian(self, coords):
     hess = np.zeros([3*len(coords), 3*len(coords)], float)
     for i, (si, ei) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
         for j, (sj, ej) in enumerate(zip(self.sigmas, self.epsilons)):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             sigma = 0.5*(si+sj)
             epsilon = np.sqrt(ei*ej)
             bond = IC('_internal_vdw_bond', [i, j], bond_length)
             x = (bond.value(coords)/sigma)
             qgrad = bond.grad(coords)
             dVdr = -2.208e6*np.exp(-12.0*x) + 13.5/x**7
             d2Vdr2 = 2.6496e7*np.exp(-12.0*x)-94.5/x**8
             hess += scale*epsilon/sigma*(d2Vdr2/sigma*np.outer(qgrad, qgrad) + dVdr*bond.hess(coords))
     return hess
コード例 #11
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_gradient(self, coords):
     grad = np.zeros(3*len(self.charges), float)
     for i, qi in enumerate(self.charges):
         for j, qj in enumerate(self.charges):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             bond = IC('_internal_ei_bond', [i, j], bond_length)
             r = bond.value(coords)
             sigma = np.sqrt(self.sigmas[i]**2+self.sigmas[j]**2)
             #intermediate results
             erf = math.erf(r/sigma)
             exp = np.exp(-(r/sigma)**2)/np.sqrt(np.pi)
             #update grad
             grad += scale*qi*qj/r*(-erf/r + 2.0*exp/sigma)*bond.grad(coords)
     return grad
コード例 #12
0
ファイル: model.py プロジェクト: louisgb/Photoon1.0.1.mn
 def calc_hessian(self, coords):
     hess = np.zeros([3*len(self.charges), 3*len(self.charges)], float)
     for i, qi in enumerate(self.charges):
         for j, qj in enumerate(self.charges):
             if j >= i: break
             scale = self._get_scale(i, j)
             if scale==0.0: continue
             bond = IC('_internal_ei_bond', [i, j], bond_length)
             r = bond.value(coords)
             qgrad = bond.grad(coords)
             sigma = np.sqrt(self.sigmas[i]**2+self.sigmas[j]**2)
             #intermediate results
             erf = math.erf(r/sigma)
             exp = np.exp(-(r/sigma)**2)/np.sqrt(np.pi)
             dVdr = (-erf/r + 2.0/sigma*exp)/r
             d2Vdr2 = (erf/r - 2*exp/sigma)/r**2 - 2*exp/sigma**3
             #update hessian
             hess += scale*qi*qj*(2*d2Vdr2*np.outer(qgrad, qgrad) + dVdr*bond.hess(coords))
     return hess