Python Qxalign.prepareの例

コード例 #1

ファイル: test_qualityScores.py プロジェクト: escherba/qxalign3

    def test_qualityScoresTrace(self):
        q = Qxalign()

        q.prepare("AAAACGT", "TGCA", b"!!!!")
        self.assertEqual(60, q.align())
        q.trace()
        self.assertEqual("3I 1=", q.show_trace())

        q.prepare_query(query_seq="CAAC")
        self.assertEqual(40, q.align(semi=True))
        q.trace()
        self.assertEqual("1X 3=", q.show_trace())

        q.prepare("", "", "")
        self.assertRaises(IndexError, q.align, [])

コード例 #2

ファイル: testmem.py プロジェクト: escherba/qxalign3

def test_qxalign_long():
    q = Qxalign()

    q.prepare("AAAACGT", "TGCA", b"!!!!")
    assert 60 == q.align()
    q.trace()
    assert "3I 1=" == q.show_trace()

    q.prepare_query(query_seq="CAAC")
    assert 40 == q.align(semi=True)
    q.trace()
    assert "1X 3=" == q.show_trace()

    q.prepare("", "", "")
    try:
        q.align()
    except IndexError:
        pass
    else:
        assert False

    del q

コード例 #3

ファイル: testmem.py プロジェクト: escherba/qxalign3

def test_qxalign_simple():
    q = Qxalign()
    q.prepare("AAAACGT", "TGCA", "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!")
    assert 60 == q.align()
    del q

コード例 #4

ファイル: test_qualityScores.py プロジェクト: escherba/qxalign3

 def test_qualityScores(self):
     q = Qxalign()
     q.prepare("AAAACGT", "TGCA", "!!!!!!!!!!!")
     self.assertEqual(60, q.align())