コード例 #1
0
ファイル: test_utils.py プロジェクト: rsdefever/ramtools 
 def test_make_ndx(self):
     gromacs_tools.make_ndx(get_fn('tip3p.gro'), 'resname SOL',
                            'resname SOL', 'index.ndx')
コード例 #2
0
ファイル: test_utils.py プロジェクト: rsdefever/ramtools 
 def test_read_xvg(self):
     xvg = read_xvg(get_fn('energy.xvg'))
コード例 #3
0
ファイル: base_test.py プロジェクト: rmatsum836/ramtools 
    def gph_pore(self):
        trj = md.load(get_fn('nvt_small.trr'), top=get_fn('nvt.gro'))

        return trj
コード例 #4
0
ファイル: base_test.py プロジェクト: rmatsum836/ramtools 
    def water_trj(self):
        trj = md.load(get_fn('spce.trr'), top=get_fn('water_spce.gro'))

        return trj
コード例 #5
0
    def water_trj(self):
        trj = md.load(get_fn('tip3p.xtc'), top=get_fn('tip3p.gro'))

        return trj
コード例 #6
0
ファイル: test_transport.py プロジェクト: rsdefever/ramtools 
    def test_hfshear(self, water_trj):
        xvg = get_fn('energy.xvg')

        calc_transport.calc_hfshear(xvg, water_trj, temperature=300)
コード例 #7
0
 def test_make_ndx(self):
     gromacs_tools.make_ndx(get_fn('water_spce.gro'), 'resname SOL',
                            'resname SOL', 'index.ndx')