Python SDWriter.flushの例

コード例 #1

ファイル: io.py プロジェクト: jir322/chembl_beaker

def _getSDFStream(f, mols):
    w = SDWriter(f)
    for m in mols:
        w.write(m)
    w.flush()

コード例 #2

ファイル: io.py プロジェクト: jir322/chembl_beaker

def _getSDFStream(f, mols):
    w = SDWriter(f)
    for m in mols:
        w.write(m)
    w.flush()

コード例 #3

ファイル: timber.py プロジェクト: chemlove/timber

    ## Make directories for each transformation ##
        for pair in map_list:
            print('%s -> %s \n' % (pair[0], pair[1]))

            pair_dir = pair[0] + '_' + pair[1]
            os.mkdir(pair_dir)
            os.chdir(pair_dir)

            os.mkdir(dir_1_name)
            os.mkdir(dir_2_name)

            ## Write start ligand file, parameters ##
            os.chdir(dir_1_name)
            writer = SDWriter('for_parm.sdf')
            writer.write(ligands[ligands_name.index(pair[0])])
            writer.flush()
            run_antechamber(ligands[ligands_name.index(pair[0])],
                            'for_parm.sdf', ff)
            os.chdir('../')

            ## Check and fix XYZ coords of transform ligand ##
            fix_mol = update_atom_position(
                ligands[ligands_name.index(pair[0])],
                ligands[ligands_name.index(pair[1])])

            ## Write endpoint ligand file, parameters ##
            os.chdir(dir_2_name)
            writer = SDWriter('for_parm.sdf')
            writer.write(fix_mol)
            writer.flush()
            run_antechamber(ligands[ligands_name.index(pair[1])],