コード例 #1
0
ファイル: pipeline_expression.py プロジェクト: santayana/cgat 
def estimateExpression(infiles, outfile):
    '''estimate expression levels.'''

    R.library("affy")

    E.info("reading data")

    raw_data = R.ReadAffy(infiles)

    E.info("RMA normalization")

    eset = R.rma(raw_data)

    R.boxplot(raw_data)
    R.boxplot(eset)

    print R.as_list(R.assayData(eset))
コード例 #2
0
def estimateExpression(infiles, outfile):
    """estimate expression levels."""

    R.library("affy")

    E.info("reading data")

    raw_data = R.ReadAffy(infiles)

    E.info("RMA normalization")

    eset = R.rma(raw_data)

    R.boxplot(raw_data)
    R.boxplot(eset)

    print R.as_list(R.assayData(eset))