コード例 #1
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ファイル: fm.py プロジェクト: 2dpodcast/comp-genomics-class 
 def constructions(s):
     return [ FmIndex.fromString(s),
              FmIndex.fromSuffixArray(SuffixArray.fromString(s)),
              FmIndex.fromSuffixTree(SuffixTree(s)) ]
コード例 #2
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 def constructions(s):
     return [
         FmIndex.fromString(s),
         FmIndex.fromSuffixArray(SuffixArray.fromString(s)),
         FmIndex.fromSuffixTree(SuffixTree(s))
     ]
コード例 #3
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ファイル: fm.py プロジェクト: 2dpodcast/comp-genomics-class 
 def fromSuffixTree(cls, stree, cpIval=4, ssaIval=4):
     return FmIndex.fromSuffixArray(SuffixArray.fromSuffixTree(stree), cpIval=cpIval, ssaIval=ssaIval)
コード例 #4
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 def fromSuffixTree(cls, stree, cpIval=4, ssaIval=4):
     return FmIndex.fromSuffixArray(SuffixArray.fromSuffixTree(stree),
                                    cpIval=cpIval,
                                    ssaIval=ssaIval)